Экспрессией это: Недопустимое название — Викисловарь

Ralston, Amy. “Examining histone modifications with chromatin immunoprecipitation and quantitative PCR.” Nature Education 1 no. 1 (2008): 118 [Source]

Анализ экспрессии генов в крови как дополнительный инструмент мониторинга терапии метотрексатом больных ревматоидным артритом | Chetina

1. <div><p>Насонов ЕЛ, Каратеев ДЕ, Балабанова РМ. Ревматоидный артрит. Ревматология. Национальное руководство. Насонов ЕЛ, Насонова ВА, редакторы. Москва: ГЭОТАР-Медиа; 2008: С. 290–331. [Nasonov EL, Karateev DE, Balabanova RM. Revmatoidnyi artrit. Revmatologiya. Natsional’noe rukovodstvo. Nasonov EL, Nasonova VA, redaktory. Moskva: GEOTAR-Media; 2008: S. 290–331.]</p><p>Harris ED Jr. Rheumatoid Arthritis: pathophysiology and implications for therapy. N Engl J Med. 1990;322(18):1277–89. DOI: http://dx.doi.org/10.1056/NEJM199005033221805.</p><p>Firenstein GS. Evolving concepts of rheumatoid arthritis. Nature. 2003;423(6937):356–61. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nature01661.</p><p>Rindfleisch JA, Muller D. Diagnosis and management of rheumatoid arthritis. Am Fam Physician. 2005;72(6):1037–47.</p><p>Visser H, le Cessie S, Vos K, et al. How to diagnose rheumatoid arthritis early: a prediction model for persistent (erosive) arthritis. Arthritis Rheum. 2002;46(2):357–65. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.10117.</p><p>Machold KP, Stamm TA, Nell VP, et al. Very recent onset rheumatoid arthritis: clinical and serological patient characteristics associated with radiographic progression over the first years of disease. Rheumatology (Oxford). 2007;46(2):342–9. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/kel237.</p><p>van Gaalen FA, Linn-Rasker SP, van Venrooij WJ, et al. Autoantibodies to cyclic citrullinated peptides predict progression to rheumatoid arthritis in patients with undifferentiated arthritis: a prospective cohort study. Arthritis Rheum. 2004;50(3):709–15. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.20044.</p><p>Polzer K, Baeten D, Soleiman A, et al. Tumour necrosis factor blockade increases lymphangiogenesis in murine and human arthritic joints. Ann Rheum Dis. 2008;67(11):1610–6. DOI: 10.1136/ard.2007.083394.</p><p>Tchetina EV, Squires G, Poole AR. Increased type II collagen degradation and very early focal cartilage degeneration is associated with upregulation of chondrocyte differentiation related genes in early human articular cartilage lesions. J Rheumatol. 2005;32(5):876–86.</p><p>Karouzakis E, Neidhart M, Gay RE, Gay S. Molecular and cellular basis of rheumatoid joint destruction. Immunology Letters. 2006;106(1):8–13. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.imlet.2006.04.011.</p><p>Grcevic D, Jajic Z, Kovacic N, et al. Peripheral blood expression profiles of bone morphogenetic proteins, tumor necrosis factor-superfamily molecules, and transcription factor Runx2 could be used as markers of the form of arthritis, disease activity, and therapeutic responsiveness. J Rheumatol. 2010;37(2):246–56. DOI: 10.3899/jrheum.090167.</p><p>Olsen N, Sokka T, Seehorn CL, et al. A gene expression signature for recent onset rheumatoid arthritis in peripheral blood mononuclear cells. Ann Rheum Dis. 2004;63(11):1387–92. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.2003.017194.</p><p>Van der Pouw Kraan TC, Wijbrandts CA, et al. Rheumatoid arthritis subtypes identified by genomic profiling of peripheral blood cells: assignment of a type I interferon signature in a subpopulation of patients. Ann Rheum Dis. 2007;66(8):1008–14. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.2006.063412.</p><p>Haas CS, Creighton CJ, Pi X, et al. Identification of genes modulated in rheumatoid arthritis using complementary DNA microarray analysis of lymphoblastoid B cell lines from disease-discordant monozygotic twins. Arthritis Rheum. 2006;54(7):2047–60. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.21953.</p><p>Tchetina ЕV, Demidova NV, Semyonova LA, et al. Differential expression of mammalian target of rapamycin (mTOR) in the peripheral blood of early-stage rheumatoid arthritis patients as a prognostic marker of the disease activity and knee joint destruction: a two year follow-up study. Ann Rheum Dis. 2010;69 Suppl 3:675.</p><p>Четина ЕВ, Демидова НВ, Каратеев ДЕ, Насонов ЕЛ. Гетерогенность первичных больных ревматоидным артритом по экспрессии генов в крови: теоретические основы дифференциального подхода к терапии. Научно-практическая ревматология. 2011;(4):24–30. [Chetina EV, Demidova NV, Karateev DE, Nasovov EL. Heterogeneity of early rheumatoid arthritis patients according to blood gene expression: theoretical bases of a differential therapy approach. Rheumatology Science and Practice. 2011;(4):24–30.]. DOI: http://dx.doi.org/10.14412/1995-4484-2011-57.</p><p>Четина ЕВ, Семенова ЛА, Логунов АЛ и др. Повышенная экспрессия регуляторных генов в крови и суставном хряще больных ревматоидным артритом. Научно-практическая ревматология. 2012;(4):44–8. [Chetina EV, Semyonova LA, Logunov AL, et al. Enhanced regulatory gene expressions in the blood and articular cartilage of patients with rheumatoid arthritis. Rheumatology Science and Practice. 2012;(4):44–8.]. DOI: http://dx.doi.org/10.14412/1995-4484-2012-1111.</p><p>Hay N, Sonnenberg N. Upstream and downstream of mTOR. Genes Dev. 2004;18(16):1926–45. DOI: http://dx.doi.org/10.1101/gad.1212704.</p><p>Heitman J, Movva NR, Hall MN. Targets for cell cycle arrest by the immunosuppressant rapamycin in yeast. Science. 1991;253(5022):905–9. DOI: http://dx.doi.org/10.1126/science.1715094.</p><p>Yoshimura N, Ohmoto Y, Yasui H, et al. The direct effect of FK506 and rapamycin on interleukin 1(beta) and immunoglobulin production in vitro. Transplantation. 1994;57(12):1815–8.</p><p>Foey AD, Feldmann M, Brennan FM. CD40 ligation induces macrophage IL-10 and TNF-alpha production: differential use of the PI3K and p42/44 MAPK-pathways. Cytokine. 2001;16(4):131–42. DOI: http://dx.doi.org/10.1006/cyto.2001.0954.</p><p>Carlson RP, Hartman DA, Tomchek LA, et al. Rapamycin, a potential disease-modifying antiarthritic drug. J Pharmacol Exp Ther. 1993;266(2):1125–38.</p><p>Lum JJ, DeBerardinis RJ, Thompson CB. Autophagy in metazoans: cell survival in the land of plenty. Nat Rev Mol Cell Biol. 2005;6(6):439–48. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nrm1660.</p><p>Lleo A, Invernizzi P, Selmi C, et al. Autophagy: highlighning a novel player in the autoimmunity scenario. J Autoimmun. 2007;29(2–3):61–8. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.jaut.2007.06.003.</p><p>Lu B, Capan E, Li C. Autophagy induction and autophagic cell death in effector T cells. Autophagy. 2007;3(2):158–9.</p><p>Boya P, Gonzalez-Polo RA, Casares N, et al. Inhibition of macroautophagy triggers apoptosis. Mol Cell Biol. 2005;25(3):1025–40. DOI: http://dx.doi.org/10.1128/MCB.25.3.1025-1040.2005.</p><p>Shin YJ, Han SH, Kim DS, et al. Autophagy induction and CHOP under-expression promotes survival of fibroblasts from rheumatoid arthritis patients under endoplasmic reticulum stress. Arthritis Res Ther. 2010;12(1):R19. DOI: 10.1186/ar2921.</p><p>Catrina AI, Ulfgren AK, Lindblad S, et al. Low levels of apoptosis and high FLIP expression in early rheumatoid arthritis synovium. Ann Rheum Dis. 2002;61(10):934–6. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.61.10.934.</p><p>Rasa K, Scheel-Toellner D, Lee C-Y, et al. Synovial fluid apoptosis is inhibited in patients with very early rheumatoid arthritis. Arthritis Res Ther. 2006;8(4):R120. DOI: http://dx.doi.org/10.1186/ar2009.</p><p>Eguchi K. Apoptosis in autoimmune diseases. Intern Med. 2001;40(4):275–84. DOI: http://dx.doi.org/10.2169/internalmedicine.40.275.</p><p>Welsing PM, van Gestel AM, Swinkels HL, et al. The relationship between disease activity, joint destruction, and functional capacity over the course of rheumatoid arthritis. Arthritis Rheum. 2001;44(9):2009–17. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/1529-0131(200109)44:9%3C2009::AID-ART349%3E3.0.CO;2-L.</p><p>Grassi F, Cristino S, Toneguzzi S, et al. CXCL12 chemokine up-regulates bone resorption and MMP-9 release by human osteoclasts: CXCL12 levels are increased in synovial and bone tissue of rheumatoid arthritis patients. J Cell Physiol. 2004;199(2):244–51. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/jcp.10445.</p><p>Kaneko M, Tomita T, Nakase T, et al. Expression of proteinases and inflammatory cytokines in subchondral bone regions in the destructive joint of rheumatoid arthritis. Rheumatology (Oxford). 2001;40(3):247–55. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/40.3.247.</p><p>Kim KS, Choi HM, Lee YA, et al. Expression levels and association of gelatinases MMP-2 and MMP-9 and collagenases MMP-1 and MMP-13 with VEGF in synovial fluid of patients with arthritis. Rheumatol Int. 2011;31(4):543-7. DOI: 10.1007/s00296-010-1592-1.</p><p>Chia WT, Chen YW, Cheng LY, et al. MMP-9 mRNA as a therapeutic marker in acute and chronic stages of arthritis induced by type II collagen antibody. J Formos Med Assoc. 2008;107(3):245–52. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/S0929-6646(08)60143-6.</p><p>Senolt L, Grigorian M, Lukanidin E, et al. S100A4 is expressed at site of invasion in rheumatoid arthritis synovium and modulates production of matrix metalloproteinases. Ann Rheum Dis. 2006;65(12):1645–8. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.2005.047704.</p><p>Di Girolamo N, Indoh I, Jackson N, et al. Human mast cell-derived gelatinase B (matrix metalloproteinase-9) is regulated by inflammatory cytokines: role in cell migration. J Immunol. 2006;177(4):2638–50.</p><p>Burrage PS, Mix KS, Brinckerhoff CE. Matrix metalloproteinases: role in arthritis. Front Biosci. 2006;11:529–43. DOI: http://dx.doi.org/10.2741/1817.</p><p>Richardson VJ. Divergent and synergistic regulation of matrix metalloprotease production by cytokines in combination with C-C chemokines. Int J Immunopathol Pharmacol. 2010;23(3):715–26.</p><p>Huang JL, Wu SY, Xie XJ, et al. Inhibiting effects of Leflunomide metabolite on overexpression of CD147, MMP-2 and MMP-9 in PMA differentiated THP-1 cells. Eur J Pharmacol. 2011;670(1):304–10. DOI: 10.1016/j.ejphar.2011.07.045.</p><p>Vandooren B, Kruithof E, Yu DT, et al. Involvement of matrix metalloproteinases and their inhibitors in peripheral synovitis and down-regulation by tumor necrosis factor alpha blockade in spondylarthropathy. Arthritis Rheum. 2004;50(9):2942–53. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.20477.</p><p>Matsushita I, Uzuki M, Matsuno H, et al. Rheumatoid nodulosis during methotrexate therapy in a patient with rheumatoid arthritis. Mod Rheumatol. 2006;16(6):401–3. DOI: http://dx.doi.org/10.1007/s10165-006-0522-2.</p><p>Prevoo ML, van ‘t Hof MA, Kuper HH, et al. Modified disease activity scores that include twenty-eight-joint counts. Development and validation in a prospective longitudinal study of patients with rheumatoid arthritis. Arthritis Rheum. 1995;38(1):44–8. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.1780380107.</p><p>Prevoo ML, van Gestel AM, van T Hof MA, et al. Remission in a prospective study of patients with rheumatoid arthritis. American Rheumatism Association preliminary remission criteria in relation to the disease activity score. Br J Rheumatol. 1996;35(11):1101–5. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/35.11.1101.</p><p>Van der Heijde DM. How to read radiographs according to the Sharp/van der Heijde method. J Rheumatol. 1999;26(3):743–5.</p><p>Van der Heijde DM, Dankert T, et al. Reliability and sensitivity to change of a simplification of the Sharp/van der Heijde radiological assessment in rheumatoid arthritis. Rheumatology (Oxford). 1999;38(10):941–7. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/38.10.941.</p><p>Четина ЕВ, ДиБатиста Д, Пул АР. Роль простагландина E2 в ингибировании разрушения коллагена суставного хряща больных остеоартрозом. Научно-практическая ревматология. 2009;(3):18–24. [Chetina EV, DiBattista D, Pool AR. Prostaglandin E2 role in inhibition of joint cartilage collagen destruction in patients with osteoarthritis. Rheumatology Science and Practice. 2009;(3):18–24.]. DOI: http://dx.doi.org/10.14412/1995-4484-2009-1308.</p><p>Weinblatt ME, Kaplan H, Germain BF, et al. Methotrexate in rheumatoid arthritis. A five-year prospective multicenter study. Arthritis Rheum. 1994;37(10):1492–8. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.1780371013.</p><p>Machold KP, Stamm TA, Nell VP, et al. Very recent onset rheumatoid arthritis: clinical and serological patient characteristics associated with radiographic progression over the first years of disease. Rheumatology (Oxford). 2007;46(2):342–9. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/kel237.</p><p>Schett G, Stach C, Zwerina J, et al. How antirheumatic drugs protect joints from damage in rheumatoid arthritis. Arthritis Rheum. 2008;58(10):2936–48. DOI: 10.1002/art.23951.</p><p>Gossec L, Dougados M, Goupille P, et al. Prognostic factors for remission in early rheumatoid arthritis: a multiparameter prospective study. Ann Rheum Dis. 2004;63(6):675–80. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.2003.010611.</p><p>Mottonen T, Paimela L, Leirisalo-Repo M, et al. Only high disease activity and positive rheumatoid factor indicate poor prognosis in patients with early rheumatoid arthritis treated with «sawtooth» strategy. Ann Rheum Dis. 1998;57(9):533–9. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.57.9.533.</p><p>Eberhardt K, Fex E. Clinical course and remission rate in patients with early rheumatoid arthritis: relationship to outcome after 5 years. Br J Rheumatol. 1998;37(12):1324–9. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/37.12.1324.</p><p>Forslind K, Hafstrom I, Ahlmen M, et al.; BARFOT Study Group. Sex: a major predictor of remission in early rheumatoid arthritis? Ann Rheum Dis. 2007;66(1):46–52. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.2006.056937.</p><p>Morgan C, Lunt M, Brightwell H, et al. Contribution of patient related differences to multidrug resistance in rheumatoid arthritis. Ann Rheum Dis. 2003;62(1):15–9. DOI: http://dx.doi.org/10.1136/ard.62.1.15.</p><p>Hider SL, Silman AJ, Thomson W, et al. Can clinical factors at presentation be used to predict outcome of treatment with methotrexate in patients with early inflammatory polyarthritis? Ann Rheum Dis. 2009;68(1):57–62. DOI: 10.1136/ard.2008.088237.</p><p>Saevarsdottir S, Wallin H, Seddighzadeh M, et al.; SWEFOT Trial Investigators Group. Predictors of response to methotrexate in early DMARD naive rheumatoid arthritis: results from the initial open-label phase ofthe SWEFOT trial. Ann Rheum Dis. 2011;70(3):469–75. DOI: 10.1136/ard.2010.139212.</p><p>Vazquez I, Graell E, Gratacos J, et al. Prognostic markers of clinical remission in early rheumatoid arthritis after two years of DMARDs in a clinical setting. Clin Exp Rheumatol. 2007;25(2):231–8.</p><p>Ma MH, Ibrahim F, Walker D, et al. Remission in early rheumatoid arthritis: predicting treatment response. J Rheumatol. 2012;39(3):470–5. DOI: 10.3899/jrheum.110169.</p><p>Mottonen T, Hannonen P, Korpela M, et al.; FIN-RACo Trial Group. FINnish Rheumatoid Arthritis Combination therapy. Delay to institution of therapy and induction of remission using single-drug or combination-disease-modifying antirheumatic drug therapy in early rheumatoid arthritis. Arthritis Rheum. 2002;46(4):894–8. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.10135.</p><p>Combe B, Cantagrel A, Goupille P, et al. Predictive factors of 5-year health assessment questionnaire disability in early rheumatoid arthritis. J Rheumatol. 2003;30(11):2344–9.</p><p>Hodkinson B, Musenge E, Ally M, et al. Response to traditional disease-modifying anti-rheumatic drugs in indigent South Africans with early rheumatoid arthritis. Clin Rheumatol. 2011;31(4):613–9. DOI: 10.1007/s10067-011-1900-5.</p><p>Cao Y, Bonner A, Barra LJ. Response to second-line DMARDs and TNFi in seropositive and seronegative patientsin early and late rheumatoid arthritis are not the same: results from the CATCH cohort and a large, established rheumatoid arthritis database [abstract]. Arthritis Rheum. 2011;63 Suppl 10):2202.</p><p>Verschueren P, Esselens G, Westhovens R. Predictors of remission, normalized physical function, and changes in the working situation during follow-up of patients with early rheumatoid arthritis: an observational study. Scand J Rheumatol. 2009;38(3):166–72. DOI: http://dx.doi.org/10.1080/03009740802484846.</p><p>Wessels JA, van der Kooij SM, le Cessie S, et al; Pharmacogenetics Collaborative Research Group. A clinical pharmacogenetic model to predict the efficacy of methotrexate monotherapy in recent-onset rheumatoid arthritis. Arthritis Rheum. 2007;56(6):1765–75. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/art.22640.</p><p>Mori S, Hirose J, Yonemura K. Contribution of HLA-DRB1*04 alleles and anti-cyclic citrullinated antibodies to development of resistance to disease-modifying antirheumatic drugs in early rheumatoid arthritis. Clin Rheumatol. 2010;29(12):1357–66. DOI: 10.1007/s10067-010-1454-y.</p><p>Knowlton N, Jiang K, Frank MB, et al. The meaning of clinical remission in polyarticular juvenile idiopathic arthritis: gene expression profiling in peripheral blood mononuclear cells identifies distinct disease states. Arthritis Rheum. 2009;60(3):892–900. DOI: 10.1002/art.24298.</p></div><br />

Анализ экспрессии генных ансамблей поможет в диагностике патологий

Поиск новых биомаркеров патологий человека и прогнозирование клинических исходов для пациентов является сложной задачей, стоящей сегодня перед мировым научным и медицинским сообществом. Международный коллектив, куда вошел сибирский ученый, занялся изучением генного шума у людей, больных свиным гриппом, COVID-19 и сепсисом. Сравнивая данные экспрессии генов у пациентов, исследователи выявили общие нарушения для всех этих заболеваний. На основе полученных данных был разработан альтернативный подход, который можно применить для анализа молекулярных изменений, связанных с инфекционными заболеваниями и сепсисом, как наиболее острой формой их проявления. Новый многообещающий метод — шум ансамбля генов — не только помогает выявить критические пути и предсказать тяжесть заболевания при свином гриппе, COVID-19 и смертность у пациентов с сепсисом, но и поможет в борьбе с будущими пандемиями. Результаты работы опубликованы в журнале Scientific Reports.

«Экспрессия генов описывается двумя параметрами: среднее число копий РНК и шум (отклонение) в числе копий РНК. Практически все исследования по регуляции экспрессии генов фокусируются на определении изменений в среднем числе копий РНК при заболеваниях либо при других условиях эксперимента. Нас же заинтересовали изменения в генном шуме: как независимая величина, отражающая стабильность функционирования биологической системы, и как фактор риска развития патологий, — рассказывает ведущий научный сотрудник лаборатории генетики лабораторных животных ФИЦ “Институт цитологии и генетики СО РАН”, научный сотрудник лаборатории молекулярной цитогенетики Института молекулярной и клеточной биологии СО РАН, кандидат биологических наук Юрий Михайлович Мошкин. — Действительно, увеличение генного шума неизбежно повлечет за собой рост отклонений в числе копий белка на клетку, а дальше, поскольку многие белки являются ферментами, этот процесс приведет к нежелательным флуктуациям (случайным отклонениям) в концентрации метаболитов и, как результат, к разбалансировке всех функций организма. Подобное состояние возникает при старении организма (ранее в одной из наших работ мы показали, что с возрастом генный шум возрастает для большинства генов), также у людей в годах увеличиваются общие риски развития патологий: рак, деменция, метаболические нарушения и так далее). Поэтому шум генов хорошо отражает старение организма и неизбежно связанные с ним патологические процессы на уровне разбалансировки экспрессии генов, а не на уровне изменений в средней экспрессии отдельных генов».

На практике генный шум можно определить, только исследуя популяцию людей или животных и, например, после проведения статистического сравнения по каждому гену для выборки пациентов, больных каким-либо заболеванием (COVID-19, рак и так далее), по отношению к здоровым. Но как определить генный шум для конкретного человека? Теоретически это возможно сделать путем многократных измерений экспрессии генов в течение некоторого времени, чтобы понять, насколько устойчива экспрессия генов у индивидуума в конкретный промежуток времени. Однако для медицинской диагностики это неприемлемо, поскольку в таком случае человек должен будет сдавать анализы в течение месяца практически каждый день. Однако так как шум является статистическим признаком, необходима какая-то выборка. 

«Здесь возник первый Eureka moment (момент прозрения) — мы можем определить генный шум не для отдельных генов, а для их наборов, объединенных общими свойствами по какому-либо признаку, что мы и назвали шумом генных ансамблей. Примечательно, что любые изменения в шуме генных ансамблей будут отражать изменения как в самом генном шуме, так и нарушения в стехиометрии (пропорциях) в экспрессии генов ансамбля. И первое, и второе будут свидетельствовать о разбалансировке экспрессии ансамбля, а значит, и о нарушениях в биологических функциях, за которые он отвечает. Таким образом, концепция шума генных ансамблей позволяет выявлять и исследовать нарушения не на уровне индивидуальных генов, как это обычно делается, а целиком для биологических функций, кодируемых ансамблями генов», — отмечает Юрий Мошкин.

Мировая пандемия COVID-19 предоставила ученым возможность проверить разрабатываемый подход на практике, хотя изначально у исследователей не было доступных данных по экспрессии генов в крови у пациентов, инфицированных коронавирусом. «Тут возник второй Eureka moment. Я задался вопросом: а почему вообще вирус приводит к смерти? На самом деле на репликацию вирусных частиц уходит всего лишь 2% клеточной энергии (АТФ), то есть для клетки, в наиболее общем смысле и отбросив специфические варианты взаимодействий вируса с клеткой, наличие вируса не представляет какой-то серьезной проблемы. Так что же приводит к гибели? В большинстве случаев риск смерти обусловливается острой иммунной реакцией организма хозяина на патоген, то есть сепсисом. Он возникает как при вирусных, так и при бактериальных инфекциях, и ключевым моментом при его развитии является резкое увеличение энергозатрат, обусловленное ростом воспалительного процесса. При сепсисе затраты клеточной энергии увеличиваются на 20—50%, а при септическом шоке еще больше, в итоге организм убивает сам себя», — добавляет ученый.

К сожалению, современная медицина не умеет эффективно лечить сепсис. Например, в Нидерландах и Великобритании ежегодный процент смертности от сепсиса у пациентов реанимационных отделений составляет около 20—30%, без влияния коронавируса. Большая часть смертей от COVID-19 вызвана пневмонией, которая развивается из-за воздействия сепсиса. Поскольку создание вакцин и поиск специфических противовирусных препаратов требуют времени и определенного везения, авторы исследования предположили, что первой линией обороны от новых пандемий (в том числе и коронавируса) может стать эффективное лечение сепсиса. Тем самым человечество может быть подготовлено как к пандемии COVID-19, так и к любой другой, новой.

Держа эти рассуждения в уме, ученые занялись исследованием шума генных ансамблей у пациентов реанимационных отделений Нидерландов и Великобритании с пневмонией и сепсисом, вызванными бактериальной инфекцией. Для сравнения в работе использовались данные по РНК-секвенированию крови больных свиным гриппом h2N1 на ранней и поздней стадиях заражения. В итоге ученые обнаружили, что генный шум существенно возрастает у больных сепсисом и у больных свиным гриппом, тем самым подтвердили тезис об общей дестабилизации экспрессии генов. Кроме того, изменения в шуме генных ансамблей оказались достаточно схожими как у больных сепсисом, так и у больных свиным гриппом, поэтому поиск путей лечения сепсиса действительно будет являться первичным инструментом для борьбы с любыми пандемиями на ранней стадии, до создания вакцин и антивирусных препаратов.

«Обнаруженные нами изменения в шуме генных ансамблей дают основания предположить, что при сепсисе дестабилизируются функции митохондрий, пероксисом и других биологических путей. Следовательно, в данном случае анализ шума генных ансамблей позволяет обнаруживать новые фармакологические мишени (которые обычно ускользают при простом анализе изменений в средней экспрессии генов). Исходя из этого, мы предложили, что можно использовать ряд известных и относительно безопасных фармакологических препаратов для стабилизации данных функций и, возможно, для лечения сепсиса. Кроме того, на этапе публикации статьи стали доступны данные по экспрессии генов в крови и для пациентов с COVID-19. И, к нашему счастью, оказалось, что в данном случае происходят достаточно схожие изменения в шуме генных ансамблей по сравнению с больными сепсисом и свиным гриппом. А значит, ключом к раннему реагированию на пандемии должен стать поиск эффективных подходов лечения сепсиса как саморазрушающей и неспецифической иммунной реакции организма на практически любой патоген», — говорит Юрий Мошкин.

Примечательно, что недавние исследования независимо подтверждают выводы ученых о том, что при развитии воспалительного процесса (сепсиса), как часть неспецифической иммунной реакции, нарушается функция митохондрий, что приводит к эффекту Варбурга. Он связан в основном с раковыми клетками, в которых нарушена функция митохондрий и клеточный метаболизм перестраивается на активный гликолиз. В современной онкологии уже отрабатывается ряд подходов к лечению рака путем восстановления функции митохондрий и подавления гликолиза, то есть эффекта Варбурга. Подобные явления наблюдаются и в иммунных клетках при развитии острой воспалительной реакции. Таким образом, для лечения сепсиса, гриппа, коронавируса и так далее можно заимствовать подходы из онкологии. Кроме того, другим немаловажным маркером сепсиса является окислительный стресс — это процесс, при котором происходит накопление реактивных форм кислорода (пероксид водорода, супероксид и другие), которые и повреждают клетки организма. Здесь на сцену выходит пероксисома — клеточная органелла, участвующая в удалении активных форм кислорода. Иными словами, увеличение шума в генном ансамбле, кодирующем компоненты пероксисом, дает молекулярное объяснение окислительному стрессу при сепсисе и указывает на то, что препараты, способствующие биогенезу (формированию) пероксисом, также могут использоваться для лечения сепсиса, гриппа, коронавируса.

Благодаря исследованию ученых шум генных ансамблей может использоваться для диагностики различных заболеваний, включая прогнозирование вероятности смерти при сепсисе, предсказания, насколько остро будет проходить коронавирусная инфекция, эффективности лечения рака, посттравматического стрессового расстройства. В случае сепсиса авторы работы сделали также ряд интересных открытий: «Мы установили, что вероятность смерти слабо зависит от возраста, шум генных ансамблей оказался достаточно эффективным для подобной диагностики. Точность наших диагностических моделей для предсказания смертности при сепсисе превзошла диагностическую модель, разработанную крупным голландским консорциумом MARS (Molecular Diagnosis and Risk Stratification of Sepsis), которая основывалась на более традиционном подходе. Таким образом, шум генных ансамблей может широко использоваться для диагностики различных заболеваний и, что не менее важно, для поиска альтернативных мишеней и разработки новых способов лечения, в частности путем перепозиционирования известных фармакологических препаратов», — рассказывает Юрий Мошкин.

Андрей Фурцев

Информация предоставлена Управлением по пропаганде и популяризации научных достижений СО РАН

Фото из архива портала «Научная Россия»

Уровень в сыворотке и почечная экспрессия молекул межклеточной адгезии ICAM-1 у больных с диабетической нефропатией | Бондарь

Диабетическая нефропатия (ДН) – одно из наиболее частых и прогностически неблагоприятных осложнений сахарного диабета (СД). В последние годы ДН заняла ведущую позицию среди причин терминальной почечной недостаточности в развитых странах. В Российской Федерации дополнительные прямые расходы на лечение одного пациента с начальными стадиями ДН составляют 245 $ в год, при наличии ХПН – 2012 $ в год (без учета расходов на гемодиализ и трансплантацию почки). При использовании последних методов стоимость лечения может достигать 45 тыс. $ в год [1].

Ведущими факторами, определяющими развитие и прогрессирование ДН, признаны гипергликемия и связанные с ней метаболические расстройства [2]. Наряду с этим, в последние годы обсуждается роль воспалительных реакций в формировании данного осложнения. Показана роль мигрирующих в почки провоспалительных клеток, прежде всего моноцитов/макрофагов, в развитии гломерулярного и интерстициального фиброза при СД [3–6]. Миграция мононуклеаров и реализация их активности в почках осуществляются в тесной кооперации с резидентными клетками и внеклеточным матриксом. Важнейшую роль при этом играют цитокины и молекулы адгезии [5, 7–9].

Среди адгезивных белков большое внимание привлекли молекулы межклеточной адгезии ICAM-1. Они обеспечивают фиксацию лейкоцитов на поверхности эндотелия и их последующий выход из сосудистого русла в ткани. Данный процесс определяется взаимодействием ICAM-1 с β2-интегринами лейкоцитов [10]. Экспрессия ICAM-1 обнаружена на многих типах клеток, включая эндотелиоциты, гранулоциты, макрофаги, фибробласты и др. В организме ICAM-1 существуют в мембрано-связанной и растворимой форме. Последняя (sICAM-1) обнаруживается в крови и других биологических жидкостях.

При ряде заболеваний почек показана зависимость между изменениями уровня sICAM-1 в крови и почечной экспрессией ICAM-1 [11]. Определения sICAM-1 у больных СД немногочисленны, их результаты не позволяют сделать однозначный вывод о связи уровня sICAM-1 с выраженностью осложнений СД [12–15]. Экспрессия ICAM-1 в почках больных СД не изучена.

Целью настоящего исследования являлось изучение уровня sICAM-1 в сыворотке крови, а также экспрессии ICAM-1 в почках у больных СД 1 с различными стадиями нефропатии.

Материалы и методы исследования

Обследовали 63 больных СД 1 (22 мужчин и 41 женщину, в возрасте 16–54 лет (29,0±9,7 лет)) при длительности заболевания от 1 мес до 34 лет (8,5±8,0 лет). В исследование не включались больные с кетоацидозом, патологией почек недиабетического генеза, с обострением сопутствующих заболеваний. Иссле­довали суточную протеинурию, альбуминурию, мочевой осадок, креатинин крови с расчетом скорости клубочковой фильтрации (СКФ) по Cockcroft-Gault, УЗИ почек, проводили cуточное мониторирование артериального давления (СМАД). Нормальная экскреция альбумина с мочой (ЭАМ) выявлена у 23 обследованных (1-я группа), у 29 зафиксирована микроальбуминурия (2-я группа), у 11 – протеинурия (3-я группа). Нару­шение клиренса креатинина имело место у 7 больных 3-й группы. Клинико-лабораторная характеристика групп представлена в таблице 1. Пациенты с выраженной нефропатией в целом были несколько старше, имели большую длительность СД, более высокие показатели гликемии натощак, протеинурии, креатинина, меньшую СКФ и более высокие показатели АД по сравнению с больными других групп.

Определение концентрации sICAM-1 в сыворотке крови осуществляли методом иммуноферментного анализа с помощью коммерческих наборов Bendek Medsystems, Biosource (Бельгия) с использованием планшеточного ридера «BioRad 680» (BioRad, США) и программного обеспечения Zemfira. Исследования выполнены в гормональной лаборатории ООО «Лабораторная диагностика» (зав. лабораторией – к.м.н. В.В. Романов). Результаты определения sICAM-1 сравнивали с контрольной группой, в которую вошли 10 здоровых лиц (7 мужчин и 3 женщины) 18–44 лет (средний возраст 28,8±9,5 лет).

Типирование ICAM-1 в биоптатах почек проведено у 15 пациентов (5 мужчин и 10 женщин в возрасте 16–41 года, с длительностью СД от 3 мес до 12 лет (в среднем 4,1±3,3 лет). ЭАМ у трех обследованных находилась в диапазоне нормальных значений, у восьми – в диапазоне микроальбуминурии, у одной пациентки выявлена протеинурия (0,8 г/сут). Все больные имели нормальный клиренс креатинина (СКФ от 62,6 до 130,6 мл/мин). Пункционная нефробиопсия выполнялась для оценки выраженности и характера поражения почек при наличии одного или нескольких факторов риска ДН: большая длительность СД, микроальбуминурия, диабетическая ретинопатия и/или артериальная гипертензия. Процедура выполнялась под контролем УЗИ в отделении ультразвуковой диагностики (зав. – А.В. Сасин) Новосибирской Государственной областной клинической больницы. Пациенты давали письменное информированное согласие на проведение биопсии.

Локализацию ICAM-1 в почечных структурах исследовали методом иммуногистохимического типирования c помощью моноклональных антител к CD54 фирмы «Novocastra Laboratories Ltd» (Великобритания). Выраженность иммуногистохимической реакции оценивали полуколичественно. В качестве контроля использовали почки 15 здоровых лиц (5 мужчин и 5 женщин), 25–42 года (средний возраст 33,2±8,1 лет), погибших от черепно-мозговых травм (автокатастрофы). При судебно-медицинском исследовании этих лиц не выявлено признаков хронических заболеваний, отравлений, травматических и иных повреждений почек. Образцы почек забирали не позднее 24 ч от момента биологической смерти.

Протокол исследования одобрен этическим комитетом Новосибирского государственного медицинского университета (протокол заседания № 1/11 от 16.11. 2005 г.).

Статистическая обработка проведена с использованием пакета STATISTICA 6.0. Использованы дисперсионный анализ, корреляционный анализ, многофакторный регрессионный пошаговый анализ. Для оценки межгрупповых различий применяли t-критерий Стьюдента (для двух независимых групп) или ANOVA (для трех или более групп). Критический уровень значимости при проверке статистических гипотез принимали равным 0,05. Данные представлены как средние и стандартные отклонения (M±SD).

Результаты и их обсуждение

Уровень sICAM-1 в крови у больных СД составил 347,2±126,1 нг/мл (153–812 нг/мл), в контрольной группе – 268,3±63,2 нг/мл (170–375 нг/мл). Средний уровень sICAM-1 у больных оказался значимо выше контроля (р=0,02).

Зависимость уровня sICAM-1 от стадии ДН представлена на рис. 1. У пациентов с нормоальбуминурией содержание sICAM-1 практически не отличалось от такового у здоровых лиц (р=0,20). У больных с микроальбуминурией зафиксирована тенденция к повышению уровня молекулы адгезии, хотя и не достигшая степени статической значимости (р=0,07). Достоверное повышение уровня sICAM-1 имело место у больных с протеинурией (р=0,003).

Больные с артериальной гипертензией имели более высокие значения sICAM-1 по сравнению с остальными пациентами (379,8±129,2 и 319,4±118,2 нг/мл соответственно, р=0,04). Содержание sICAM-1 положительно коррелировало с величиной среднесуточного диастолического АД, с индексом времени диастолической артериальной гипертензии (r=0,39; div=0,04 и r=0,38; div=0,05 соответственно), но не с параметрами систолического АД.

Высокий уровень sICAM-1 был характерен для больных с ранним развитием и быстрым прогрессированием нефро- и ретинопатии (371,4±156,3 нг/мл, n=21, р=0,05). Нормальное содержание молекулы адгезии выявлено при медленном развитии микроангиопатий (263,2±64,1 нг/мл). Наличие сопутствующей патологии не оказало влияния на уровень sICAM-1. Не отмечено различий в уровне sICAM-1 в зависимости от курения и особенностей терапии.

При изучении связи между уровнем sICAM-1 и качеством контроля гликемии наименьшие значения sICAM-1 выявлены у пациентов с хорошо компенсированным СД (303,6±100,7 нг/мл, n=14; отличия от контроля незначительны: р=0,35). Если целевой уровень гликемии не был достигнут, то содержание sICAM-1 значимо превышало контроль (355,8±132,6 нг/мл, n=41, р=0,05). Наибольшие уровни sICAM-1 зафиксированы у больных с лабильным диабетом, резкими колебаниями гликемии в течение суток (387,3±123,3 нг/мл, n=8, р=0,02). Уровень sICAM-1 положительно коррелировал с концентрацией глюкозы натощак (r=0,30; р=0,02) и с постпрандиальной гликемией (r=0,34; р=0,007).

Не установлено значимых корреляций между содержанием sICAM-1 и возрастом больных (r=0,16; р=0,01), длительностью СД (r=–0,09; р=0,01), суточной дозой инсулина (r=0,02; р=0,01), уровнем фибриногена (r=–0,02; р=0,01), лейкоцитов (r=0,20; р=0,01) и СОЭ (r=0,21; р=0,01).

При исследовании биоптатов почек выявлены изменения, свойственные начальным стадиям ДН: гипертрофия и гиперклеточность клубочков, очаговое расширение мезангия, расширение просвета и утолщение стенок капиллярных петель, сужение просвета капсулы, утолщение ее париетального листка, дистрофические и атрофические изменения эпителия канальцев, начальные этапы склероза интерстиция и артериол. У двух больных выявлено полное замещение отдельных клубочков соединительной тканью. Объемная доля мезан­гия (соотношение мезангий/клубочек) составила в среднем 22,8±4,8% (13,1–30,8%).

Иммуногистохимическое исследование с помощью антител к CD54 не выявило положительной реакции на ICAM-1 в препаратах почек контрольной группы. Присутствие ICAM-1 в клубочках обнаружено у 7 из 15 больных СД. Реакция во всех случаях была слабоположительной, ICAM-1 выявлялись в отдельных клубочках на периферии капиллярных петель. Наиболее часто присутствие ICAM-1 обнаруживалось в канальцах: в 8 случаях реакция оказалась положительной (отчетливое окрашивание всех канальцев в препарате), в 5 случаях – слабоположительной (частичное окрашивание отдельных канальцев) и только в 2 случаях – отрицательной. Пример положительной иммуногистохимической реакции на ICAM-1 в клубочке и канальцах почки у больного с СД представлен на рис. 2.

Большинство пациентов с положительной реакцией на ICAM-1 имели повышенную ЭАМ: у 4 выявлена микроальбуминурия, у 1 – протеинурия; нормоальбуминурия сохранялась у 2 обследованных. Среди пациентов с отрицательной реакцией на ICAM-1 нормальная ЭАМ зафиксирована у 5 пациентов, микроальбуминурия – у 3. Различий по фильтрационной функции почки между выделенными подгруппами не найдено (табл. 2). Больные с положительной реакцией на ICAM-1 в клубочках имели более высокие цифры мониторного систолического и диастолического АД и более высокий индекс времени диастолической гипертензии. Кроме того, у этих больных зарегистрированы более высокие показатели гликемии натощак. Не выявлено какой-либо взаимосвязи между наличием ICAM-1 и возрастом больных, дозой инсулина, длительностью СД. Обращает на себя внимание возможность появления ICAM-1 в клубочках при небольшой длительности заболевания (в наших наблюдениях наименьший срок от манифестации СД составлял 7 мес). Прослеживалась тенденция к увеличению объема мезангия у больных с положительной реакцией на молекулы адгезии в клубочках в сравнении с остальными пациентами (24,4±2,3 и 20,9±6,5 соответственно, р=0,2).

При сопоставлении уровня ICAM-1 в почках с концентрацией растворимой формы этих молекул в сыворотке крови оказалось, что больные с положительной реакцией на ICAM-1 в клубочках имели достоверно более высокий уровень циркулирующих молекул адгезии по сравнению с пациентами с отрицательной иммуногистохимической реакцией (391,6±96,7 и 266,6±63,3, р=0,02).

Положительная реакция на ICAM-1 в канальцах, зафиксированная у большинства обследованных пациентов, наблюдалась при длительности СД от 7 мес до 12 лет. Взаимосвязи выраженности реакции в канальцах с возрастом больных, дозой инсулина, уровнем АД, креатинина, СКФ не установлено. Микроальбуминурия на нижней границе диапазона (31,6 мг/сут) выявлена у одной больной с отрицательной реакцией на ICAM-1. Четыре пациента со слабоположительной реакцией на ICAM-1 имели нормальную ЭАМ, у 1 выявлена микроальбуминурия. Среди пациентов с положительной реакцией нормальная ЭАМ зафиксирована у 2, микроальбуминурия – у 5, протеинурия – у 1. Уровень гликемии натощак у больных с положительной реакцией на ICAM-1 оказался выше, чем у пациентов со слабоположительной реакцией (10,8±2,4 и 7,0±3,3 ммоль/л, р=0,05). Гликемия после еды показала аналогичную тенденцию (9,3±2,9 и 7,3±1,4 ммоль/л, р=0,13).

Прослеживался очевидный параллелизм в изменении уровня ICAM-1 в клубочках и канальцах. У пациентов с отрицательной и слабоположительной реакцией на ICAM-1 в канальцах, за исключением одного случая, ICAM-1 в клубочках не выявлялись. Напротив, у 6 из 8 пациентов с положительной реакцией на ICAM-1 в канальцах данные молекулы выявлялись и в клубочках.

Проведенные исследования свидетельствуют о том, что развитие ДН у больных СД 1 сопровождается заметным увеличением содержания растворимой формы sICAM-1 в сыворотке крови и усилением синтеза ICAM-1 в клубочках и канальцах почек.

Известно, что sICAM-1 появляются в сыворотке в результате протеолиза и слущивания с ICAM-1-позитивных клеток. Ранее в экспериментах показано возрастание синтеза ICAM-1 в эндотелии при воздействии высокого уровня глюкозы [16, 17]. В работе М.В. Шестаковой и соавт. [18] показано увеличение экспрессии ICAM-1 на гранулоцитах и лимфоцитах крови у больных СД 1, имеющих протеинурию. Можно предположить, что источниками избыточного количества циркулирующих sICAM-1 у больных СД являются клетки сосудистого эндотелия и лейкоциты крови.

Основным фактором, определяющим повышение sICAM-1 в кровотоке, оказался уровень гликемии. Ранее было показано, что улучшение контроля гликемии на фоне интенсивной инсулинотерапии у больных СД 2 сопровождается снижением концентрации молекул адгезии в крови [19]. Это согласуется с результатами экспериментальных работ, показавших стимулирующее влияние супрафизиологических количеств глюкозы на экспрессию молекул адгезии в эндотелиальных клетках [16, 17]. Установлено, что воздействие избытка глюкозы приводит к увеличению адгезии моноцитов [20] и нейтрофилов [16] к сосудистому эндотелию. Аналогичные эффекты оказывают гликированные белки [21]. Таким образом, стимулируя синтез молекул адгезии, гипергликемия запускает развитие иммуновоспалительных реакций в сосудах.

В связи с этим увеличение содержания sICAM-1 в сыворотке крови можно использовать как маркер интенсивности хронического сосудистого воспаления у больных СД. Клиническая значимость данного параметра определяется его тесной взаимосвязью с прогрессированием микроангиопатий. Поскольку содержание sICAM-1 не коррелирует с «традиционными» маркерами воспаления (такими, как количество лейкоцитов, СОЭ и фибриноген), его исследование имеет самостоятельное диагностическое значение.

Как показали наши исследования, уровень sICAM-1 в кровотоке у больных СД 1 в определенной степени отражает активацию синтеза ICAM-1 в клубочках почек. Повышение количества ICAM-1 в почках, однако, обнаруживалось на более ранних стадиях ДН, чем изменения уровня sICAM-1 в кровотоке. Появление ICAM-1 в клубочках и канальцах почек в количествах, выявляемых иммуногистохимическим методом, зафиксировано нами на стадии микроальбуминурии, а в некоторых случаях даже при нормальной экскреции альбумина с мочой.

Полученные данные согласуются с результатами работ, в которых обнаружена повышенная экспрессия ICAM-1 в клубочках [22–25] и тубулоинтерстиции почек [23, 25] на различных экспериментальных моделях СД. Известно, что активация синтеза молекул адгезии является характерным признаком целого ряда заболеваний почек, в патогенезе которых присутствует воспалительный компонент. Повышенная экспрессия ICAM-1 в клубочках обнаружена при различных морфологических формах гломерулонефритов [26, 27], васкулите Шенляйн–Геноха, люпус-нефрите [26]. Активацию экспрессии ICAM-1 в канальцах и/или интерстиции наблюдали при гломерулонефритах [26], тубулоинтерстициальных нефритах [28], реакции отторжения почечного трансплантата [29]. Таким образом, активация синтеза адгезивных белков носит характер универсальной реакции. Вместе с тем факторы, запускающие эту реакцию при разных формах патологии различны.

Проведенные исследования показали взаимосвязь между качеством контроля гликемии и уровнем ICAM-1 в почках. Это соответствует представлениям о том, что гипергликемия является наиболее вероятной пусковой причиной активации синтеза ICAM-1 в почках при СД. In vitro показано, что высокий уровень глюкозы приводит к возрастанию продукции ICAM-1 в эндотелиальных [30] и мезангиальных [31] клетках. Помимо гипергликемии, синтез ICAM-1 в мезангиоцитах может запускать оксидативный стресс [32], а также механическое напряжение в условиях внутриклубочковой гипертензии [33].

Гиперэкспрессия молекул адгезии является необходимым условием привлечения в почки мононуклеарных провоспалительных клеток. Возрастание их числа в клубочках и интерстиции почек при СД зафиксировано в ряде клинических [3, 5] и экспериментальных [6, 22, 23, 25, 34, 35] работ. Инфильтрирующие почки провоспалительные клетки могут включаться в патогенез нефросклероза, вырабатывая фиброгенные факторы роста и цитокины. При СД макрофагальная инфильтрация почечных клубочков и канальцев взаимосвязана с выраженностью фиброза, альбуминурией, артериальной гипертензией и функцией почек [3, 6]. В эксперименте показано, что нейтрализующие ICAM-1 антитела препятствуют развитию макрофагальной инфильтрации клубочков при СД [7]. Мыши линии db/db (модель СД 2) с «нокаутированным» геном ICAM-1, в значительной степени «защищены» от развития нефропатии: у них медленнее нарастает альбуминурия, менее выражены лейкоцитарная инфильтрация и морфологические изменения в клубочках и канальцах, медленнее развивается нефросклероз [8]. Это позволяет рассматривать ICAM-1 в качестве одного из медиаторов, участвующих в развитии ДН.

Дальнейшее изучение роли воспалительных реакций в формировании ДН представляется перспективным для изучения механизмов развития и разработки новых подходов к лечению этого грозного осложнения.

Выводы

1. Выявлена активация синтеза молекул межклеточной адгезии ICAM-1 в почках и повышение растворимой формы данных молекул (sICAM-1) в сыворотке крови у больных СД 1.

2. Активация синтеза ICAM-1 в канальцах и клубочках почек наблюдается на самых ранних стадиях нефропатии, даже при небольшой длительности СД.

3. Повышение уровня sICAM-1 в крови наиболее характерно для клинически выраженных стадий ДН.

4. Активация синтеза ICAM-1 при СД связана с качеством гликемического контроля, степенью альбуминурии, наличием артериальной гипертензии.

5. Изменения экспрессии ICAM-1 в почках и их уровня в кровотоке подтверждают роль воспалительных реакций в формировании ДН.

1. Сунцов Ю.И., Дедов И.И. Государственный регистр больных сахарным диабетом — основная информационная система для расчета экономических затрат государства на сахарный диабет и их прогнозирование. // Сахарный диабет 2005; 2: 2-5.

2. Дедов И.И., Шестакова М.В. Диабетическая нефропатия. М.: Универсум Паблишинг; 2000.

3. Furuta T., Saito T., Ootaka T. et al. The role of macrophages in diabetic glomerulosclerosis. // Am J Kidney Dis 1993; 21 (5): 480-485.

4. Mezzano S., Droguett A., Burgos M.E. et al. Renin-angiotensin system activation and interstitial inflammation in human diabetic nephropathy. // Kidney Int Suppl 2003; 86: S64-S70.

5. Mezzano S., Aros C., Droguett A. et al. NF-kappaB activation and overexpression of regulated genes in human diabetic nephropathy. // Nephrol Dial Transplant 2004; 19 (10): 2505-2512.

6. Chow F., Ozols E., Nikolic-Paterson D.J. et al. Macrophages in mouse type 2 diabetic nephropathy: correlation with diabetic state and progressive renal injury. // Kidney Int 2004; 65 (1): 116-128.

7. Sugimoto H., Shikata K., Hirata K. et al. Increased expression of intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) in diabetic rat glomeruli: glomerular hyperfiltration is a potential mechanism of ICAM-1 upregulation. // Diabetes 1997; 46: 2075-2081.

8. Chow F.Y., Nikolic-Paterson D.J., Ozols E. et al. Intercellular adhesion molecule-1 deficiency is protective against nephropathy in type 2 diabetic db/db mice. // J Am Soc Nephrol 2005; 16 (6): 1711-1722.

9. Chow F.Y., Nikolic-Paterson D.J., Ozols E. et al. Monocyte chemoattractant protein-1 promotes the development of diabetic renal injury in streptozotocin- treated mice. // Kidney Int 2006; 69 (1): 73-80.

10. Пальцев М.А., Иванов А.А., Северин С.Е. Межклеточные взаимодействия. М: Медицина; 2003 .

11. Lhotta K., Schlogl A., Kronenberg F. et al. Soluble intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) in serum and urine: correlation with renal expression of ICAM-1 in patients with kidney disease. // Clin Nephrol 1997; 48 (2): 85-91.

12. Fasching P., Veitl M., Rohac M. et al. Elevated concentrations of circulating adhesion molecules and their association with microvascular complications in insulin-dependent diabetes mellitus. // J Clin Endocrinol Metab 1996; 81 (12): 4313-4317.

13. Guler S., Cakir B., Demirbas B. et al. Plasma soluble intercellular adhesion molecule 1 levels are increased in type 2 diabetic patients with nephropathy. // Horm Res 2002; 58 (2): 67-70.

14. Boulbou M.S., Koukoulis G.N., Makri E.D. et al. Circulating adhesion molecules levels in type 2 diabetes mellitus and hypertension. // Int J Cardiol 2005; 98 (1): 39-44.

15. Nelson C.L., Karschimkus C.S., Dragicevic G. et al. Systemic and vascular inflammation is elevated in early IgA and type 1 diabetic nephropathies and relates to vascular disease risk factors and renal function. // Nephrol Dial Transplant 2005 20 (11): 2420-2426.

16. Omi H., Okayama N., Shimizu M. et al. Participation of high glucose concentrations in neutrophil adhesion and surface expression of adhesion molecules on cultured human endothelial cells: effect of antidiabetic medicines. // J Diabetes Complications 2002; 16 (3): 201-208.

17. Altannavch T.S., Roubalova K., Kucera P., Andel M. Effect of high glucose concentrations on expression of ELAM-1, VCAM-1 and ICAM-1 in HUVEC with and without cytokine activation. // Physiol Res 2004; 53 (1): 77-82.

18. Шестакова М.В., Кочемасова Т.В., Горелышева В.А. и др. Роль молекул адгезии (ICAM-1 и Е-селектина) в развитии диабетических микроангиопатий. // Тер архив 2002; 6: 24-27.

19. Albertini J.P., Valensi P., Lormeau B. et al. Elevated concentrations of soluble E-selectin and vascular cell adhesion molecule-1 in NIDDM. Effect of intensive insulin treatment. // Diabetes Care 1998; 21 (6): 1008-1013.

20. Manduteanu I., Voinea M., Serban G., Simionescu M. High glucose induces enhanced monocyte adhesion to valvular endothelial cells via a mechanism involving ICAM-1, VCAM-1 and CD18. // Endothelium 1999; 6 (4): 315-324.

21. Desfaits A.C., Serri O., Renier G. Gliclazide reduces the induction of human monocyte adhesion to endothelial cells by glycated albumin. // Diabetes Obes Metab 1999; 1 (2): 113-120.

22. Sassy-Prigent C., Heudes D., Mandet C. Early glomerular macrophage recruitment in streptozotocin-induced diabetic rats. // Diabetes 2000; 49 (3): 466-475.

23. Usui H., Shikata K., Matsuda M. et al. HMG-CoA reductase inhibitor ameliorates diabetic nephropathy by its pleiotropic effects in rats. // Nephrol Dial Transplant 2003; 18: 265-272.

24. Lee F.T., Cao Z., Long D.M. et al. Interactions between angiotensin II and NF-kappaB-dependent pathways in modulating macrophage infiltration in experimental diabetic nephropathy. // J Am Soc Nephrol 2004; 15 (8): 2139-2151.

25. Qi X.M., Wu G.Z., Wu Y.G. et al. Renoprotective Effect of Breviscapine through Suppression of Renal Macrophage Recruitment in Streptozotocin-Induced Diabetic Rats. // Nephron Exp Nephrol 2006; 104 (4): e147-e157.

26. Lhotta K., Neumayer H.P., Joannidis M. et al. Renal expression of intercellular adhesion molecule-1 in different forms of glomerulonephritis. // Clin Sci (Lond) 1991; 81 (4): 477-481.

27. Nguyen T.T., Shou I., Funabiki K. et al. Correlations among expression of glomerular intercellular adhesion molecule 1 (ICAM-1), levels of serum soluble ICAM-1, and renal histopathology in patients with IgA nephropathy. // Am J Nephrol 1999; 19 (4): 495-499.

28. Shappell S.B., Mendoza L.H., Gurpinar T. et al. Expression of adhesion molecules in kidney with experimental chronic obstructive uropathy: the pathogenic role of ICAM-1 and VCAM-1. // Nephron 2000; 85 (2): 156-166.

29. Andersen C.B., Blaehr H., Ladefoged S., Larsen S. Expression of the intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) in human renal allografts and cultured human tubular cells. // Nephrol Dial Transplant 1992; 7 (2): 147-154.

30. Baumgartner-Parzer S.M., Wagner L., Pettermann M. et al. Modulation by high glucose of adhesion molecule expression in cultured endothelial cells. // Diabetologia 1995; 38 (11): 1367-1370.

31. Park C.W., Kim J.H., Lee J.H. et al. High glucose-induced intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) expression through an osmotic effect in rat mesangial cells is PKC-NF-kappa B-dependent. // Diabetologia 2000; 43 (12): 1544-1553.

32. Satriano J.A., Banas B., Luckow B. et al. Regulation of RANTES and ICAM-1 expression in murine mesangial cells. // J Am Soc Nephrol 1997; 8 (4): 596-603.

33. Riser B.L., Varani J., Cortes P. et al. Cyclic stretching of mesangial cells up-regulates intercellular adhesion molecule-1 and leukocyte adherence: a possible new mechanism for glomerulosclerosis. // Am J Pathol 2001; 158 (1): 11-17.

34. Tone A., Shikata K., Sasaki M. et al. Erythromycin ameliorates renal injury via anti-inflammatory effects in experimental diabetic rats. // Diabetologia 2005; 48 (11): 2402-2411.

35. Biswas S.K., Lopes de Faria J.B. Hypertension induces oxidative stress but not macrophage infiltration in the kidney in the early stage of experimental diabetes mellitus. // Am J Nephrol 2006; 26 (5): 415-422.

рецепторы к эстрогенам, рецепторы к прогестеронам (в строме и железах эндометрия), Ki67 (индекс пролиферативной активности) (кроме PTEN)

Исследование проводится в целях диагностики патологии репродуктивной функции, а также для оценки тяжести гиперпластического процесса. Определение уровня рецепторов эстрогена и рецепторов прогестерона в среднюю стадию фазы секреции позволяет оценить степень эндометриальной дисфункции. Ki-67 – индекс пролиферативной активности – белок, который синтезируется в ядрах клеток, находящихся в процессе деления. Является одним из специфических маркеров хронического эндометрита. Исследование экспрессии Ki-67 маркера позволяет подтвердить наличие диспластических процессов, выявить поражения шейки матки с высоким риском дальнейшей прогрессии.

Синонимы русские

Определение рецепторов эстрогена, прогестерона и Ki-67 в эндометрии.

Синонимы английские 

Immunocytochemical analysis ofsteroid-receptor and Ki-67, immunocytochemistry of progesterone, estrogen receptors and Ki-67.

Метод исследования

Жидкостная цитология + иммуноцитохимическое исследование.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Аспират из полости матки.

Общая информация об исследовании

Стандартное морфологическое исследование эндометрия включает определение клеточного состава, соотношения клеток, фазы менструального цикла, патологических изменений – признаков атипии, инфильтрации воспалительными клетками при световой микроскопии. Материалом для исследования является эндометрий, полученный методом аспирационной биопсии эндометрия или при гистероскопии с биопсией эндометрия, после выскабливания (кюретаж полости матки).

Иммуноцитохимия – это метод исследования клеток, основанный на обнаружении специфических антигенов с помощью присоединения к ним антител, меченных флюорохромом или ферментом. Антигены – молекулы белков или углеводов, имеющие уникальную трёхмерную структуру, способные индуцировать образование антител. Антитела – иммуноглобулины, распознающие антигены и присоединяющиеся к ним во время реакции «антиген-антитело». Антигены и антитела неразличимы при исследовании методом световой и электронной микроскопии. Для обнаружения специфических антигенов к образцу клеток добавляют реагент, содержащий меченные флюорохромом или ферментом антитела, в результате чего образуется иммунный комплекс «антиген-антитело». Комплексы формируют специфическое окрашивание клеток и их внутренних структур, обеспечивая детекцию патологических изменений на молекулярном уровне. Иммуноцитохимическое исследование позволяет верифицировать онкологические заболевания, метастатические поражения, определить их гистологическую принадлежность, оценить экспрессию маркеров, влияющих на прогноз заболевания и подбор схемы эффективной химиотерапии.

Эндометрий – слизистая оболочка, выстилающая полость матки изнутри, необходимая для имплантации оплодотворенной яйцеклетки и развития плаценты во время беременности. Он подвергается динамическим структурным и функциональным изменениям во время менструального цикла под действием женских половых гормонов — эстрогена и прогестерона, последовательно секретируемых яичником. Нарушение экспрессии рецепторов эстрогена и прогестерона в эндометрии нарушает нормальное циклическое функционирование эндометрия у женщин репродуктивного возраста и вызывает ряд патологических состояний, включающих аномальные маточные кровотечения, бесплодие.

Иммуноцитохимическое исследование образца, содержащего клетки эндометрия, позволяет определить выраженность экспрессии рецепторов к эстрогену и прогестерону и определить их соотношение. В нормальном эндометрии происходит циклическое изменение баланса рецепторов женских половых гормонов в зависимости от фазы менструального цикла.

В стадию ранней пролиферации после пятого дня цикла начинается прогрессивное увеличение рецепторов к эстрогену (ER) в строме и эпителии желёз, продолжающееся в позднюю пролиферативную фазу с максимальным пиком экспрессии в предовуляторном периоде и во время овуляции. После овуляции отмечается постепенное снижение уровня рецепторов к эстрогену, обусловленное действием прогестерона.

Увеличение рецепторов к прогестерону начинается в позднюю пролифертивную фазу, достигая максимальной экспрессии в предовуляторном период, во время овуляции. В секреторную фазу железистый эпителий постепенно уменьшает экспрессию рецепторов к прогестерону, в то время как экспрессия рецепторов на стромальных клетках продолжает увеличиваться.

Максимальное количество клеток эндометрия, экспрессирующих рецепторы к женским половым гормонам, отмечается в конце поздней пролиферативной фазы и предовуляторный период, со смещением соотношения в сторону рецепторов к эстрогену (референтный интервал ER/PR составляет от 2-4:1). В секреторную фазу соотношение ER/PR смещается в сторону рецепторов к прогестерону и составляет 1:2, в стромальных клетках до 1:3 к концу менструального цикла.

К концу менструального цикла количество рецепторов к женским половым гормонам снижается до минимальных значений.

Одной из причин бесплодия может быть повышение экспрессии эстрогеновых рецепторов с одновременным снижением экспрессии прогестиновых рецепторов в клетках эндометрия в раннюю секреторную фазу, что нарушает способность эндометрия к имплантации оплодотворенной яйцеклетки.

При хроническом эндометрите отмечается смещение максимального пика экспрессии рецепторов эстрогена и прогестерона в сторону пролиферативной фазы, уменьшение количества клеток, экспрессирующих рецепторы, более раннее истощение рецепторного аппарата с резким снижением эстрогеновых рецепторов в раннюю секреторную фазу. Аналогичные изменения характерны и для рецепторов к прогестерону в клетках эпителия желез.

Для неопластической трансформации эндометрия характерно снижение рецепторов к эстрогену и прогестерону. До 80% опухолей эндометрия экспрессируют рецепторы к эстрогену. Высокая экспрессия рецепторов женских половых гормонов с сохранением соотношения ER/PR свидетельствует о высокой дифференцировке клеток опухоли, что связано с более благоприятным прогнозом в отношении выживаемости. Низкое содержание рецепторов прогестерона позволяет прогнозировать лучший ответ на химиотерапию гормональными препаратами (прогестинами).

Ki-67 – это ДНК-связывающий ядерный белок, экспрессирующийся в пролиферирующих клетках, который предотвращает разрушение хромосом во время деления. Он используется как маркер пролиферации при опухолевых процессах, в некоторых случаях позволяет определить злокачественность процесса, склонность опухоли к метастазированию, прогнозировать ответ на химиотерапию с включением гормональных препаратов. Ki-67 присутствует в нормальных клетках эндометрия в пролиферативную фазу и в очень малом количестве в секреторную. В большем количестве белок содержится в стромальных клетках функционального слоя эндометрия.

Определение экспрессии Ki-67 проводится методом иммуноцитохимии. К образцу, содержащему клетки эндометрия, добавляют меченый антиген к белку Ki-67. В результате реакции «антиген-антитело» формируется специфическое окрашивание ядер клеток. Для анализа выполняется подсчет позитивно меченных клеток, оценка интенсивности окрашивания ядра.

Экспрессия Ki-67 значительно повышается при атипической гиперплазии, раке эндометрия.

При всех типах гиперплазии эндометрия отмечается снижение экспрессии ER, PR и Ki-67 по сравнению с нормальным эндометрием в фазу пролиферации. При сравнении результата иммуноцитохимии с нормальным эндометрием в секреторную фазу наблюдается обратная картина: экспрессия ER, PR и Ki-67 значительно выше при гиперплазии эндометрия.

При раке эндометрия экспрессия ER и PR снижается с одновременным увеличением Ki-67. Чем выше экспрессия Ki-67, тем более низкая дифференцировка клеток опухоли, что свидетельствует о менее благоприятном прогнозе для жизни.

Когда назначается исследование?

• При необходимости подтверждения или исключения хронического эндометрита;
• при оценке тяжести и контроле течения гиперплазии миометрия;
• при обследовании женщин с миомой матки, кистами яичников, эндометриозом;
• при определении гормонально-рецепторного статуса при эндометриальной карциноме;
• при первичном и вторичном бесплодии;
• при невынашивании или ранней потере беременности в анамнезе;
• при подготовке к ВРТ и/или неудачных попытках ЭКО;
• при утолщении эндометрия, выявленном на УЗИ у женщин, принимающих ЗГТ, тамоксифен;
• пациенткам со злокачественной опухолью молочной железы;
• при уточнении диагноза при сомнительных результатах морфологического заключения.

Что означают результаты?

Референсные значения

Соотношение рецепторов эстрогена к рецепторам прогестерона (ЕR/PR) в строме составляет 4:1.

При хроническом эндометрите отмечается смещение пика уровня экспрессии рецепторов эстрогенов и прогестерона в сторону средней и поздней стадий фазы пролиферации, в то время как в нормальном эндометрии пик экспрессии приходится на овуляцию.

Нарушение экспрессии рецепторов половых гормонов связано с формированием гиперплазии эндометрия и определяет форму и тяжесть гиперпластического процесса.

При простой железистой гиперплазии без атипии наблюдается повышение рецепторов ER и PR в эпителии желез и стромальных элементах с одновременно высокими показателями экспрессии маркера пролиферации Ki-67.

При неопластической трансформации клетки эндометрия частично или полностью утрачивают рецепторы к эстрогенам и прогестерону. Соотношение рецепторов ER/PR в клетках различных аденокарцином различается и связано со степенью морфологической дифференцировки опухоли.

Степень экспрессии белка Ki-67 увеличивается по мере нарастания неопластических изменений эпителия шейки матки и достигает максимума при цервикальной плоскоклеточной карциноме. Его величина прямо коррелирует со степенью гистологической злокачественности.

Степень экспрессии Ki-67 выражается в процентах.

Также рекомендуется

[12-133] Диагностика хронического эндометрита: CD20+, CD56+, CD138+, HLA-DR

[12-071] Гистологическое исследование биопсийного материала

[08-057] Антиген плоскоклеточной карциномы (SCCA)

[08-112] Прогестерон

[08-120] Эстрадиол

Кто назначает исследование?

Гинеколог, эмбриолог, онколог, эндокринолог, цитолог.

Литература

1) Techniques of immunohistochemistry: principles, pitfalls, and standardization. Richard W. Cartun, Clive R. Taylor and David J. Dabbs. Diagnostic Immunohistochemistry, Chapter 1, 1-46.

2) Benign Endometrium. David W Kindelberger  and Marisa R Nucci. Gynecologic Pathology: A Volume in the Series: Foundations in Diagnostic Pathology, Chapter 6, 197-232.

3) The Female Genital Tract. Lora Hedrick Ellenson and Edyta C. PirogRobbins and Cotran Pathologic Basis of Disease, Chapter 22, 991-1042.

Премьера «То, что на расстоянии напоминает другое» и «Экспрессия незрячего»

В своих концептуальных и в то же время поэтических фильмах, снятых на 16-мм пленку, Джессика Сара Ринланд раскрывает тактильные, визуальные и звуковые отношения между искусством, художником и зрителем, исследуя то, как мы воспринимаем искусство, и то, как оно воспринимает нас. Garage Screen представляет две работы Ринланд: короткометражный фильм «Экспрессия незрячего» и ее полнометражный дебют «То, что на расстоянии напоминает другое», удостоенный специального упоминания 73-го Международного кинофестиваля в Локарно.

В «Экспрессии незрячего» руки слепого мужчины, чье лицо скрыто от зрителей рамкой кадра, ощупывают многофигурную статую, пытаясь сформировать представление о ней. Постепенно герой, а вместе с ним и зрители, собирает воедино античный сюжет о Гиласе — возлюбленном Геркулеса, которого нимфы, завороженные его красотой, утащили в морскую пучину. Чувственный и тактильный фильм Ринланд предлагает аудитории двойную идентификацию: зрители, не имеющие прямого доступа к статуе, соотносят себя как с мужчиной, касающимся ее, так и с нимфами, которые с вожделением взирают на Гиласа и пытаются завладеть им.

В фильме «То, что на расстоянии напоминает другое» Ринланд проникает за кулисы нескольких музеев археологии, этнологии, естественной истории и декоративно-прикладного искусства, включая музей Виктории и Альберта и Британский музей, документируя различные консервационные и реставрационные процессы. На протяжении фильма зрителей сопровождают руки множества музейных сотрудников, занимающихся всем — от лепки на гончарном круге и литья в специальных формах до замера узоров на вазах и реконструкции ювелирных шкатулок.

Их скрытый от посетителей труд образует целую хореографическую партитуру — захватывающий, поэтичный балет из движений рук и их звуков. Чаще всего на экране появляются руки женщины с ярко-розовым лаком — они принадлежат самой Ринланд, создающей керамическую копию слоновьих бивней. На их примере Ринланд прослеживает все стадии создания имитации природных объектов, задаваясь вечным вопросом: насколько копия, воссоздающая форму, цвет и текстуру оригинала, может его повторить или даже превзойти? Что из них является более аутентичным? И возможно ли в принципе отличить одно от другого?

Фильм демонстрируется на английском, испанском и португальском языках с русскими субтитрами.

«То, что на расстоянии напоминает другое»
Режиссер Джессика Сара Ринланд
Великобритания, Аргентина, Испания, 2019. 67 мин. 18+

Фильм демонстрируется на английском языке с русскими субтитрами.

«Экспрессия незрячего»
Режиссер Джессика Сара Ринланд
Великобритания, 2016. 7 мин. 18+

Определение выражения по Merriam-Webster

б (1) : что-то, что проявляет, воплощает или символизирует что-то еще. этот подарок — выражение моего восхищения тобой

(2) : значащее слово или фраза

(3) : математический или логический символ или значимая комбинация символов.

2а : способ, средства или использование значимого представления или символики особенно : удачное или яркое указание или изображение настроения или настроения прочитайте стихотворение с выражением

(2) : лицевой аспект или интонация голоса как показатель чувства

3 : акт или продукт выдавливания

частей выражения

Алгебраические выражения — это комбинации переменные , числа и хотя бы одну арифметическую операцию.

Например, 2 Икс + 4 у — 9 является алгебраическим выражением.

Срок: Каждое выражение состоит из терминов. Термин может быть числом со знаком, переменной или константой, умноженной на переменную или переменные.

Фактор: То, что умножается на другое.Фактор может быть числом, переменной, термином или более длинным выражением. Например, выражение 7 Икс ( у + 3 ) имеет три фактора: 7 , Икс , а также ( у + 3 ) .

Коэффициент: Числовой коэффициент выражения умножения, содержащего переменную. Рассмотрим выражение на рисунке выше, 2 Икс + 4 у — 9 .В первом семестре 2 Икс , коэффициент равен 2 : во втором семестре, 4 у , коэффициент равен 4 .

Постоянный: Число, значение которого не может быть изменено. В выражении 2 Икс + 4 у — 9 , срок 9 является константой.

Как условия: Термины, содержащие такие же переменные, как 2 м , 6 м или 3 Икс у а также 7 Икс у .Если в выражении есть несколько постоянных членов, они также похожи на термины.

Пример:

Определите термины, такие как термины, коэффициенты и константы в выражении.

9 м — 5 п + 2 + м — 7

Во-первых, мы можем переписать вычитания как добавления.

9 м — 5 п + 2 + м — 7 знак равно 9 м + ( — 5 п ) + 2 + м + ( — 7 )

Так что термины находятся 9 м , ( — 5 п ) , м , 2 , а также ( — 7 ) .

Как условия — это термины, содержащие одинаковые переменные.

9 м а также 9 м пара как условия . Постоянные условия 2 а также — 7 также похожи на термины.

Коэффициенты — числовые части термина, содержащего переменную.

Итак, вот коэффициенты находятся 9 , ( — 5 ) , а также 1 . ( 1 коэффициент при члене м .)

В постоянный термины — это термины без переменных, в данном случае 2 а также — 7 .

Алгебраические выражения должны быть написаны и интерпретированы осторожно.Алгебраическое выражение 5 ( Икс + 9 ) является нет эквивалентно алгебраическому выражению, 5 Икс + 9 .

Посмотрите разницу между двумя выражениями в таблице ниже.

При написании выражений для неизвестных величин мы часто используем стандартные формулы.Например, алгебраическое выражение «расстояние, если скорость 50 миль в час, а время Т часов «это D знак равно 50 Т (по формуле D знак равно р Т ).

Выражение вроде Икс п называется властью. Здесь Икс это база, а п — показатель степени. Показатель степени — это количество раз, когда основание используется в качестве фактора.Словосочетание для этого выражения: » Икс к п th власть.»

Вот несколько примеров использования экспонент.

Что такое выражение и какие типы выражений?

Выражение : выражение — это комбинация операторов, констант и переменных.Выражение может состоять из одного или нескольких операндов и нуля или нескольких операторов для получения значения.

Пример:

а + б
c
с-1/7 * ж
.
.
так далее
 

Типы выражений:

Выражения могут быть следующих типов:

• Постоянные выражения : Постоянные выражения состоят только из постоянных значений. Постоянное значение — это значение, которое не меняется.
  Примеры :

   5, 10 + 5 / 6.0, 'x ’

• Интегральные выражения : Интегральные выражения — это те, которые производят целочисленные результаты после выполнения всех автоматических и явных преобразований типов.
  Примеры :

   x, x * y, x + int (5.0) 

  где x и y — целые переменные.

• Выражения с плавающей запятой : Выражения с плавающей запятой дают результаты с плавающей запятой после выполнения всех автоматических и явных преобразований типов.
  Примеры :

   x + y, 10,75 

  где x и y — переменные с плавающей запятой.

• Выражения отношения : Выражения отношения дают результаты типа bool, который принимает значение true или false. Когда арифметические выражения используются по обе стороны от реляционного оператора, они сначала оцениваются, а затем сравниваются результаты. Выражения отношения также известны как логические выражения.
  Примеры :

   x <= y, x + y> 2 

• Логические выражения : Логические выражения объединяют два или более выражений отношения и выдают результаты типа bool.
  Примеры :

   x> y && x == 10, x == 10 || y == 5 

• Выражения указателя : Выражения указателя создают значения адреса.
  Примеры :

   & x, ptr, ptr ++ 

  где x — переменная, а ptr — указатель.

• Побитовые выражения : Побитовые выражения используются для управления данными на битовом уровне. Они в основном используются для тестирования или сдвига битов.
  Примеры:

   x << 3 

  сдвигает трехбитную позицию влево

   y >> 1 

  сдвигает одну битовую позицию вправо.

  Операторы сдвига часто используются для умножения и деления на степень двойки.

Примечание: В выражении также могут использоваться комбинации вышеуказанных выражений. Такие выражения известны как составных выражений .

Вниманию читателя! Не прекращайте учиться сейчас. Присоединяйтесь к курсу First-Step-to-DSA для учащихся 9–12 классов , , специально разработанного для ознакомления со структурами данных и алгоритмов учащимся 9–12 классов

Примеры выражений

Формы и отчеты

В таблицах этого раздела представлены примеры выражений, которые вычисляют значение в элементе управления, расположенном в форме или отчете.Чтобы создать вычисляемый элемент управления, вы вводите выражение в свойстве ControlSource элемента управления, а не в поле таблицы или запрос.

Примечание Вы также можете использовать выражения в форме или отчете при выделении данных с помощью условного форматирования.

Текстовые операции

Выражения в следующей таблице используют операторы & (амперсанд) и + (плюс) для объединения текстовых строк, встроенные функции для управления текстовой строкой или другие действия с текстом для создания вычисляемого элемента управления.

Верх страницы

Арифметические операции

Вы можете использовать выражения для сложения, вычитания, умножения и деления значений в двух или более полях или элементах управления.Вы также можете использовать выражения для выполнения арифметических операций с датами. Например, предположим, что у вас есть поле таблицы даты и времени с именем RequiredDate. В поле или в элементе управления, привязанном к полю, выражение = [RequiredDate] - 2 возвращает значение даты / времени, равное двум дням раньше текущих значений в поле RequiredDate.

Примечание Когда вы используете арифметический оператор (+, -, * и /) в выражении, и значение одного из элементов управления в выражении равно NULL, результатом всего выражения будет NULL - это известно как нулевое распространение.Если какие-либо записи в одном из элементов управления, которые вы используете в выражении, могут иметь нулевое значение, вы можете избежать распространения нулевого значения, преобразовав нулевое значение в ноль с помощью функции Nz - например, = Nz ([Subtotal]) + Nz ([Груз]).

Верх страницы

Значения в других элементах управления

Иногда требуется значение, которое существует где-то еще, например, в поле или элементе управления другой формы или отчета.Вы можете использовать выражение для возврата значения из другого поля или элемента управления.

В следующей таблице перечислены примеры выражений, которые можно использовать в вычисляемых элементах управления в формах.

Выражения в следующей таблице показывают некоторые способы использования вычисляемых элементов управления в отчетах. Выражения ссылаются на свойство отчета.

Верх страницы

Подсчет, сумма и средние значения

Вы можете использовать тип функции, называемой агрегатной функцией, для вычисления значений для одного или нескольких полей или элементов управления. Например, вы можете рассчитать итоговую сумму группы для нижнего колонтитула группы в отчете или промежуточную сумму заказа для отдельных позиций в форме.Вы также можете подсчитать количество элементов в одном или нескольких полях или вычислить среднее значение.

Выражения в следующей таблице показывают некоторые способы использования таких функций, как Avg, Count и Sum.

Дополнительные сведения об использовании агрегатных функций и суммировании значений в полях и столбцах см. В статьях Суммирование данных с помощью запроса, Подсчет данных с помощью запроса, Отображение итогов столбцов в таблице с помощью строки итогов и Отображение итоги столбца в таблице.

Верх страницы

Агрегатные функции SQL

Вы используете тип функции, называемый функцией SQL или агрегатной функцией домена, когда вам нужно выборочно суммировать или подсчитывать значения. «Домен» состоит из одного или нескольких полей в одной или нескольких таблицах или одного или нескольких элементов управления в одной или нескольких формах или отчетах. Например, вы можете сопоставить значения в поле таблицы со значениями в элементе управления в форме.

Верх страницы

Операции с датами

Отслеживание даты и времени - это фундаментальная работа с базой данных. Например, вы можете рассчитать, сколько дней прошло с даты выставления счета, чтобы просрочить вашу дебиторскую задолженность. Вы можете форматировать дату и время различными способами, как показано в следующей таблице.

Верх страницы

Условия только двух значений

Примеры выражений в следующей таблице используют функцию IIf для возврата одного из двух возможных значений.Вы передаете функции IIf три аргумента: Первый аргумент - это выражение, которое должно возвращать значение True или False. Второй аргумент - это значение, которое нужно вернуть, если выражение истинно, а третий аргумент - это значение, которое нужно вернуть, если выражение ложно.

Верх страницы

Запросы и фильтры

В этом разделе содержатся примеры выражений, которые можно использовать для создания вычисляемого поля в запросе или для предоставления критериев запросу. Вычисляемое поле - это столбец в запросе, который является результатом выражения. Например, вы можете вычислить значение, объединить текстовые значения, такие как имя и фамилия, или отформатировать часть даты.

Вы используете критерии в запросе, чтобы ограничить записи, с которыми вы работаете. Например, вы можете использовать оператор Between, чтобы указать дату начала и окончания и ограничить результаты вашего запроса заказами, которые были отправлены между этими датами.

Ниже приведены примеры выражений для использования в запросах.

Текстовые операции

Выражения в следующей таблице используют операторы & и + для объединения текстовых строк, используют встроенные функции для работы с текстовой строкой или иным образом работают с текстом для создания вычисляемого поля.

Верх страницы

Арифметические операции

Вы можете использовать выражения для сложения, вычитания, умножения и деления значений в двух или более полях или элементах управления.Вы также можете выполнять арифметические операции с датами. Например, предположим, что у вас есть поле даты и времени под названием RequiredDate. Выражение = [RequiredDate] - 2 возвращает значение даты и времени, равное за два дня до значения в поле RequiredDate.

Дополнительные сведения об использовании агрегатных функций и суммировании значений в полях и столбцах см. В статьях Суммирование данных с помощью запроса, Подсчет данных с помощью запроса, Отображение итогов столбцов в таблице с помощью строки итогов и Отображение итоги столбца в таблице.

Верх страницы

Операции с датами

Почти все базы данных хранят и отслеживают дату и время.Вы работаете с датой и временем в Access, задавая в полях даты и времени в таблицах тип данных «Дата / время». Access может выполнять арифметические вычисления по датам; например, вы можете рассчитать, сколько дней прошло с даты выставления счета, чтобы просрочить вашу дебиторскую задолженность.

Верх страницы

Агрегатные функции SQL

Выражения в следующей таблице используют функции SQL (язык структурированных запросов), которые агрегируют или суммируют данные. Вы часто видите, что эти функции (например, Sum, Count и Avg) называются агрегатными функциями.

В дополнение к агрегатным функциям Access также предоставляет агрегатные функции "домена", которые вы используете для выборочного суммирования или подсчета значений.Например, вы можете подсчитать только значения в определенном диапазоне или найти значение из другой таблицы. Набор агрегатных функций домена включает функцию DSum, функцию DCount и функцию DAvg.

Для вычисления итогов часто требуется создать итоговый запрос. Например, чтобы подвести итоги по группе, вам нужно использовать итоговый запрос. Чтобы включить итоговый запрос из сетки конструктора запроса, щелкните Totals в меню View .

Верх страницы

Поля с отсутствующими данными

Выражения, показанные здесь, работают с полями с потенциально отсутствующей информацией, например, с пустыми (неизвестными или неопределенными) значениями. Вы часто сталкиваетесь с нулевыми значениями, такими как неизвестная цена нового продукта или значение, которое коллега забыл добавить к заказу.Возможность поиска и обработки нулевых значений может быть важной частью операций с базой данных, и выражения в следующей таблице демонстрируют некоторые распространенные способы работы с нулевыми значениями.

Верх страницы

Вычисляемые поля с подзапросами

Вы можете использовать вложенный запрос, также называемый подзапросом, для создания вычисляемого поля. Выражение в следующей таблице является одним из примеров вычисляемого поля, полученного в результате подзапроса.

Верх страницы

Соответствие текстовым значениям

Примеры выражений в этой таблице демонстрируют критерии, которые соответствуют полному или частичному текстовым значениям.

Верх страницы

Критерии даты совпадения

Выражения в следующей таблице демонстрируют использование дат и связанных функций в выражениях критериев.Дополнительные сведения о вводе и использовании значений даты см. В статье Форматирование поля даты и времени.

Верх страницы

Найти недостающие данные

Выражения в следующей таблице работают с полями, в которых потенциально отсутствует информация - те, которые могут содержать нулевое значение или строку нулевой длины. Нулевое значение означает отсутствие информации; он вообще не представляет ни нуля, ни какого-либо значения.Access поддерживает идею отсутствия информации, поскольку эта концепция жизненно важна для целостности базы данных. В реальном мире информация часто отсутствует, даже если она носит временный характер (например, пока еще не определенная цена на новый продукт). Следовательно, база данных, моделирующая сущность реального мира, например бизнес, должна иметь возможность записывать информацию как отсутствующую. Вы можете использовать функцию IsNull, чтобы определить, содержит ли поле или элемент управления нулевое значение, и вы можете использовать функцию Nz для преобразования нулевого значения в ноль.

Верх страницы

Совпадение шаблонов записи с Like

Оператор Like обеспечивает большую гибкость, когда вы пытаетесь сопоставить строки, которые следуют шаблону, потому что вы можете использовать Like с подстановочными знаками и определять шаблоны для сопоставления Access. Например, подстановочный знак * (звездочка) соответствует последовательности символов любого типа и упрощает поиск всех имен, начинающихся с буквы.Например, вы используете выражение Like «S *», чтобы найти все имена, начинающиеся с буквы S. Дополнительные сведения см. В статье Оператор Like.

Верх страницы

Сопоставление строк с агрегатами SQL

Вы используете SQL или агрегатную функцию домена, когда вам нужно выборочно суммировать, подсчитывать или усреднять значения.Например, вы можете захотеть подсчитать только те значения, которые попадают в определенный диапазон или которые оцениваются как Да. В других случаях вам может потребоваться найти значение из другой таблицы, чтобы вы могли его отобразить. Примеры выражений в следующей таблице используют агрегатные функции домена для вычисления набора значений и использования результата в качестве критерия запроса.

Верх страницы

Сопоставление полей с подзапросами

Вы используете подзапрос, также называемый вложенным запросом, для вычисления значения, которое будет использоваться в качестве критерия. Примеры выражений в следующей таблице соответствуют строкам на основе результатов, возвращаемых подзапросом.

Верх страницы

Запросы на обновление

Вы используете запрос на обновление для изменения данных в одном или нескольких существующих полях в базе данных. Например, вы можете заменить значения или полностью удалить их. В этой таблице показаны некоторые способы использования выражений в запросах на обновление. Эти выражения используются в строке Обновить до в сетке конструктора запросов для поля, которое вы хотите обновить.

Дополнительные сведения о создании запросов на обновление см. В статье Создание и выполнение запроса на обновление.

Верх страницы

Операторы SQL

Язык структурированных запросов или SQL - это язык запросов, который использует Access.Каждый запрос, который вы создаете в режиме конструктора запросов, также можно выразить с помощью SQL. Чтобы просмотреть инструкцию SQL для любого запроса, щелкните Просмотр SQL в меню Просмотр . В следующей таблице показаны образцы операторов SQL, в которых используется выражение.

Верх страницы

Табличные выражения

Двумя наиболее распространенными способами использования выражений в таблицах являются присвоение значения по умолчанию и создание правила проверки.

Значения поля по умолчанию

При разработке базы данных вы можете захотеть присвоить значение по умолчанию полю или элементу управления.Затем Access предоставляет значение по умолчанию, когда создается новая запись, содержащая поле, или когда создается объект, содержащий элемент управления. Выражения в следующей таблице представляют собой примеры значений по умолчанию для поля или элемента управления. Если элемент управления привязан к полю в таблице и поле имеет значение по умолчанию, значение элемента управления по умолчанию имеет приоритет.

Верх страницы

Правила проверки полей

Вы можете создать правило проверки для поля или элемента управления с помощью выражения.Затем Access применяет правило при вводе данных в поле или элемент управления. Чтобы создать правило проверки, вы измените свойство ValidationRule поля или элемента управления. Вам также следует рассмотреть возможность установки свойства ValidationText , которое содержит текст, отображаемый Access при нарушении правила проверки. Если не задать свойство ValidationText , Access отобразит сообщение об ошибке по умолчанию.

Примеры в следующей таблице демонстрируют выражения правила проверки для свойства ValidationRule и связанный текст для свойства ValidationText .

Дополнительные сведения о проверке данных см. В статье Создание правила проверки для проверки данных в поле.

Верх страницы

Макро-выражения

В некоторых случаях вам может потребоваться выполнить действие или серию действий в макросе, только если выполняется определенное условие.Например, предположим, что вы хотите, чтобы действие запускалось только тогда, когда значение в текстовом поле Счетчик равно 10. Вы используете выражение для определения условия в столбце Условие макроса:

 [Счетчик] = 10 

Как и свойство ValidationRule , выражение столбца Condition является условным выражением. Он должен принимать значения True или False. Действие происходит только при выполнении условия.

Совет Чтобы заставить Access временно игнорировать действие, введите False в качестве условия. Это может быть полезно, когда вы пытаетесь найти проблемы в макросе.

Верх страницы

Экспрессия иммунопротеасом связана с лучшим прогнозом и ответом на терапию контрольных точек при меланоме

Избыточная экспрессия субъединиц иммунопротеасомы коррелирует с улучшением выживаемости пациентов с меланомой независимо от мутационной нагрузки, IFNγ или инфильтрации Т-клеток

Чтобы оценить взаимосвязь между экспрессией Уровни иммунопротеасомных субъединиц PSMB8 и PSMB9 и выживаемость пациентов с меланомой, мы проанализировали данные TCGA 472 пациентов с меланомой, для которых были доступны данные RNA-seq и исходы пациентов (дополнительная таблица 1).Наша оценка уровней экспрессии мРНК PSMB8 и PSMB9 в образцах TCGA по сравнению со здоровым контролем GTEX (дополнительная таблица 2) выявила сверхэкспрессию двух субъединиц иммунопротеасомы (IP) в TCGA (t-тест P <4.1E −57 и P <7.3E − 79 соответственно). Мы обнаружили высокую корреляцию между уровнями экспрессии PSMB8 и PSMB9 (Spearman R = 0.90, P <1E-15) и статистически значимое совпадение их сверхэкспрессии (гипергеометрический P <4.9E-55, см. Методы). Это наблюдение привело нас к определению уровней экспрессии субъединиц иммунопротеасомы как суммарной экспрессии PSMB8 и PSMB9 .

Наш анализ показывает, что экспрессия PSMB8 и PSMB9 связана с лучшей общей выживаемостью пациентов (рис. 1a, логранг P <0,005; сигнал устойчив для разных подгрупп пациентов, как показано на дополнительном рисунке 1). ). Напротив, мутационная нагрузка опухоли существенно не коррелирует с выживаемостью пациента (рис.1b, логранг P <0,27). Связь между экспрессией субъединицы IP и выживаемостью пациента оставалась значительной даже после учета нескольких факторов, влияющих на факторы, включая возраст пациента, расу, пол и чистоту опухоли ^18,19 , в то время как экспрессия конститутивных субъединиц протеасомы ( PSMB5 и PSMB6 ) не показали значимой связи (дополнительный рис. 2, дополнительная таблица 3).

a , b График Каплана-Мейера пациентов с меланомой TCGA ( n = 472), где выживаемость пациентов с высокой ( a ) экспрессией IP и ( b ) мутационной нагрузкой (вверху тертиль; синий) сравнивается с пациентами с низкими аналогами (нижний тертиль; желтый) (логранг P = 0,00014 и P = 0,27 со средней разницей во времени выживания 4094 и 783 дня, соответственно). c Расчетное количество CD4 + T-клеток, CD8 + T-клеток, регуляторных T-клеток (Treg), NK-клеток (NK), макрофагов M1 (M1) и цитолитической оценки (оценка CYT) у пациентов с высоким IP экспрессия субъединиц (верхний тертиль; синий) выше по сравнению с пациентами с низким уровнем экспрессии субъединиц IP (нижний тертиль; желтый) (ранксум Уилкоксона P с поправкой на FDR <0.05).

Затем мы оценили, используя CIBERSORT ²⁰ , коррелирует ли сверхэкспрессия субъединиц IP с обилием различных подмножеств лейкоцитов, связанных с опухолью. Было обнаружено, что избыточная экспрессия PSMB8 и PSMB9 тесно связана с инфильтрацией CD4 ⁺ и CD8 ⁺ Т-лимфоцитами, регуляторными Т-клетками, NK-клетками и M1-макрофагами (рис. 1c), что согласуется с ролью для сверхэкспрессии субъединицы IP в усилении иммунного ответа в опухоли.Эта связь сохраняется даже тогда, когда чистота опухоли контролируется в линейной модели (дополнительная таблица 4). Кроме того, мы наблюдали значительную связь между цитолитической активностью (оценка CYT ⁴ ) и экспрессией субъединицы IP (рис. 1c, дополнительная таблица 4), но не для их конститутивных аналогов, предполагая, что более длительная общая выживаемость действительно может быть связана с более сильный вклад субъединиц иммунопротеасомы в цитотоксичность Т-клеток.

Известно, что экспрессия иммунопротеасом тесно связана с IFNγ или инфильтрацией Т-клеток, но остается неясным, вносят ли субъединицы IP независимый вклад в выживаемость пациентов.Как и ожидалось, мы наблюдали, что сигнатура IFNγ, экспрессия генов, связанных с Т-клетками, и инфильтрация CD8 + Т-лимфоцитами (как определено CIBERSORT) также демонстрируют значительную связь с выживаемостью пациента (дополнительный рисунок 3). Однако эти последние ассоциации исчезают, когда чистота опухоли контролируется в модели Кокса (таблица 1), в то время как ассоциация, обнаруженная для субъединиц IP, остается. Более того, многомерная модель Кокса экспрессии субъединицы IP вместе с IFNγ и инфильтрацией Т-клеток показывает значительную связь экспрессии IP с выживаемостью пациента, но не для IFNγ или инфильтрации Т-клеток.Эти результаты свидетельствуют о том, что сверхэкспрессия субъединицы IP в раковых клетках не зависит от IFNγ или инфильтрации Т-клеток (дополнительные рисунки 4, 5, см. Дополнительное примечание 1) и является сильным независимым прогностическим биомаркером выживаемости пациентов с меланомой.

Влияние сверхэкспрессии субъединицы иммунопротеасомы на иммунный ответ аутологичных TIL

Чтобы проверить нашу гипотезу о том, что сверхэкспрессия субъединиц IP приводит к альтернативным, более иммуногенным пептидам, мы сверхэкспрессировали как PSMB8 , так и PSMB9 (OE), либо контрольный вектор. (EV) в трех различных клеточных линиях меланомы (108T, 12T и A375) (дополнительный рис.6а – в). В дополнительном эксперименте мы увеличили экспрессию эндогенных субъединиц иммунопротеасомы путем обработки клеток 108Т и 12Т IFNγ (дополнительный рис. 6d). Чтобы убедиться, что иммунопротеасома активна в клетках, сверхэкспрессирующих субъединицы IP, мы использовали флуоресцентные пептиды, которые могут расщепляться химотрипсиноподобной активностью PSMB5 и PSMB8 (Suc-LLVY-AMC), и субстрат, который специфически расщепляется PSMB9 (Suc -PAL-AMC) (Дополнительный рис.7). Во всех трех протестированных клеточных линиях мы наблюдали повышенное расщепление, представленное относительными единицами флуоресценции (RFU), в клетках, сверхэкспрессирующих субъединицы иммунопротеасомы, по сравнению с пустым контролем.Это открытие указывает на то, что сверхэкспрессированные субъединицы иммунопротеасомы были включены в протеасомный комплекс и были активными. Изменение RFU коррелирует с уровнем изменения экспрессии иммунопротеасом, так как наибольшее изменение было отмечено у 12T, затем A375 и последнего 108T, что параллельно траектории снижения, отмеченной в их эндогенной экспрессии иммунопротеасом в родительских клетках (EV). Поскольку известно, что IFNγ индуцирует экспрессию не только иммунопротеасомы, но и комплекса HLA ^21,22 , мы оценили с помощью проточной цитометрии уровни экспрессии HLA как в клетках, обработанных IFNγ, так и в клетках, сверхэкспрессирующих иммунопротеасомы (дополнительная информация Инжир.8). Как и ожидалось, уровни HLA повысились после лечения IFNγ, но не наблюдалось никаких изменений из-за сверхэкспрессии IP.

Чтобы оценить влияние сверхэкспрессии субъединиц иммунопротеасомы или их индукции обработкой IFNγ на иммунный ответ, мы сравнили способность аутологичных TIL лизировать клетки, сверхэкспрессирующие субъединицы IP или обработанные IFNγ. С этой целью мы совместно культивировали клетки с увеличивающимися концентрациями TIL и подсчитывали оставшиеся живые клетки. Как видно на рис.2а, аутологичные TIL убивали клетки меланомы, сверхэкспрессирующие субъединицы IP, более эффективно, чем векторный контроль. Аналогичным образом, TIL были более компетентными в уничтожении клеток, обработанных IFNγ, по сравнению с необработанными клетками. Аналогичные результаты наблюдались при измерениях секреции IFNγ (рис. 2b). Эти наблюдения подтверждают нашу гипотезу о том, что сверхэкспрессия иммунопротеасом вызывает лучший иммунный ответ.

a Клетки со сверхэкспрессией иммунопротеасом по сравнению с контролем с пустым вектором или клетки, обработанные IFNγ, по сравнению с необработанными клетками совместно культивировали в различных соотношениях с аутологичными TIL. ( E : T , различные соотношения эффекторов и мишеней). Количество живых клеток подсчитывали через 8 или 12 ч для 12T и 108T соответственно. b Секрецию IFNγ измеряли через 2, 4, 6 и 8 часов совместного культивирования клеток со сверхэкспрессией иммунопротеасомы по сравнению с контролем с пустым вектором или клеток, обработанных IFNγ, по сравнению с необработанными клетками.Данные были проанализированы для n = 3 биологических повтора для каждого условия и представлены как среднее ± стандартное отклонение.

Идентификация антигенов HLA класса I, представленных в присутствии активных субъединиц иммунопротеасомы

Расщепление клеточных белков протеасомой и иммунопротеасомой является центральным в генерации HLA-ассоциированных пептидов для презентации Т-клеткам ⁸ . Следовательно, конститутивная протеасома и субъединица иммунопротеасомы могут способствовать представлению отдельного пептидного репертуара и, следовательно, различному исходу иммунного ответа.Наше наблюдение за повышенной гибелью клеток, сверхэкспрессирующих субъединицы IP, привело нас к гипотезе о том, что эти клетки могут продуцировать другой, возможно, более иммуногенный репертуар антигенов. Таким образом, мы исследовали роль, которую избыточная экспрессия иммунопротеасомных субъединиц играет в неоантигене клеток меланомы, презентации TAA и возникновении иммунного ответа.

Чтобы проверить это, мы использовали пептидомики HLA для профилирования HLA-I-связанных антигенов в трех упомянутых выше клеточных системах, как описано ранее ^23,24,25 .Всего мы идентифицировали 17 501 уникальный пептид HLA: 8418 пептидов в клетках 108T, 6205 пептидов в клетках 12T и 5575 пептидов в клетках A375. Эти пептиды были получены из 8968 различных белков: 5780 белков в клетках 108Т, 3910 в клетках 12Т и 2362 в клетках A375 (дополнительные таблицы 5-10). Кластеризация пептидов в шесть различных кластеров, как и ожидалось, показала снижение аминокислотной сложности на втором и девятом якорных остатках, которые соответствуют связывающим мотивам аллелей HLA клеток (дополнительный рис.9–11). Во всех образцах более 98% пептидов были сгруппированы с использованием кластерного анализа Гиббса, причем 83–95% пептидов, по прогнозам, связывались с аллелями HLA пациентов с использованием NetMHCpan, что указывает на то, что эти пептиды являются фактическими лигандами HLA (дополнительная таблица 5 ). Пептиды, которые не образовывались в кластере с использованием кластерного анализа Гиббса и, по прогнозам NetMHCpan, не связывались с HLA, были исключены из всех дальнейших анализов. Распределение длин идентифицированных пептидов соответствовало ожидаемому распределению для пептидов класса I (дополнительный рис.12). Как и ожидалось, мы наблюдали большее сходство между образцами одного и того же эксперимента, чем между образцами одной и той же клеточной линии (дополнительный рис. 13). Из всех идентифицированных HLA-связанных пептидов два неоантигена были идентифицированы в клетках 12T, при этом 123, 117 и 59 TAA идентифицированы в клетках 108T, 12T и A375 соответственно. Эти TAA были получены из 49 белков 108T, 45 белков 12T и 32 белков A375 и получены из известных антигенов рака / яичка и ранее описанных антигенов меланомы ^26,27,28 .Оба неоантигена происходят из миссенс-мутаций: DANSFLQSV из мутации P677S в гене субъединицы 15 медиаторного комплекса (MED15) и KLFEDRVGTIK из мутации S123L в гене ^{типа TPD52 like 2 (TPD52L2) 23,25 . Мы подтвердили идентификацию неоантигенов, сравнив их спектры МС / МС со спектрами синтетических пептидов (дополнительный рисунок 14) и добавив стабильный меченый изотопом пептид, который элюировался вместе с ними (дополнительный рисунок 15).}

Чтобы изучить изменения в пептидном репертуаре клеток, сверхэкспрессирующих субъединицы иммунопротеасомы (OE), по сравнению с контролем (EV), мы провели поиск пептидов, интенсивность которых изменялась между группами.Сначала мы изучили все пептиды, а затем сосредоточились на тех, количество которых значительно изменилось (двухсторонний t-критерий Стьюдента, FDR = 0,05, S0 = 1 на основе перестановок) (рис. 3). Мы наблюдали больше представленных пептидов в клетках, сверхэкспрессирующих IP, по сравнению с векторным контролем (3164 против 1358 в 12T, 4023 против 1256 в 108T, 3015 против 2559 в A375, соответственно). Аналогичные результаты были получены для когорты пептидов, которые были представлены значительно по-разному (1094 против 129 в 12T, 623 против 114 в 108T, 340 vs.184 в A375 соответственно). Мы отметили больше неоантигенов и ТАА после сверхэкспрессии субъединиц иммунопротеасомы в 12Т и 108Т и такое же количество в клетках A375. Из общего пула TAA: 68 пептидов против 28 в 12T, 67 против 14 пептидов в 108T и 50 против 51 пептидов в A375, что отражает результаты после и до. Из значительно отличающихся представленных TAA: 25 пептидов против 2 в 12T, 2 пептида против 3 в 108T, 9 пептидов против 2 в A375, что отражает результаты после и до.

были построены для идентификации пептидов, которые дифференциально представлены клетками со сверхэкспрессией субъединиц иммунопротеасомы (OE) по сравнению с контролем (EV) ( a - c ) или клетками, которые были обработаны IFNγ (IFNγ) по сравнению с необработанными клетками (NT) ( d , e ). Каждый эксперимент по HLA-пептидомикам проводился на трех независимых культурах клеток.Пептиды были определены как значительно изменившиеся, если они прошли статистический анализ (двухсторонний t-критерий Стьюдента, FDR = 0,05, S0 = 1 на основе перестановок), и были обнаружены на графике над линиями. TAA были отмечены синими точками, а неоантигены - красными точками. Количество дифференциально представленных пептидов указано в таблице ( f ).

Как и ожидалось, пептиды, дифференциально представленные сверхэкспрессирующими IP клетками, имели явную тенденцию к кластеризации аллелей с химотриптико-подобными мотивами на их С-конце (аминокислоты A / F / I / L / M / V / Y в их c -концевой), и меньше для аллелей с трипсоподобными мотивами (аминокислоты K / R на их С-конце), за исключением случая клеток 108Т (в которых большинство пептидов сгруппированы под аллелем A * 11: 01).Поскольку это известный IP-мотив, эти данные подтверждают наш вышеупомянутый биохимический анализ. В клетках 12Т больше пептидов соответствовало аллелям B * 51: 01 и C * 01: 02, чем аллелю A * 03: 01. В клетках A375 все аллели имеют химотрипсоподобный мотив на своем С-конце, но все же большее количество пептидов имеет на конце Y / F / W (B * 44: 03 и B * 57: 01) и меньше - V / L (A * 02: 01), вероятно, потому, что первые аллели содержат ароматическую боковую цепь, которая более предпочтительна для химотриптического расщепления. Как правило, аллели клеток, в которых сверхэкспрессируется IP, более равномерно представлены пептидами, что создает большее разнообразие представленных аллелей (дополнительный рис.16).

Мы провели аналогичный анализ клеток, обработанных IFNγ, по сравнению с необработанными клетками (NT). По сравнению со сверхэкспрессией субъединиц иммунопротеасомы, обработка клеток IFNγ для индукции экспрессии IP сопровождается дополнительными изменениями, такими как индукция экспрессии молекул HLA ^21,22 (дополнительный рисунок 8) и изменениями в гене экспрессия ^29,30 , что затрудняет дифференциацию того, как IFNγ-индуцированная экспрессия IP влияет на результирующий пептидный репертуар.Несмотря на эту проблему, мы смогли показать, что аналогично результатам, наблюдаемым для клеток, сверхэкспрессирующих субъединицы IP, клетки, обработанные IFNγ, демонстрируют изменения в репертуаре пептидов HLA. В частности, в клетках 12Т после обработки IFNγ было представлено больше пептидов: 2200 по сравнению с 1500 пептидами в целом, 938 по сравнению с 486 в когорте значительно изменившейся презентации. В 108T больше пептидов было представлено без обработки IFNγ: 3596 по сравнению с 2916 пептидами в целом, 2144 по сравнению с 1973 годом в значительно изменившейся когорте представления.Мы наблюдали больше неоантигенов и ТАА после сверхэкспрессии субъединиц иммунопротеасомы в клетках 12Т, но не в клетках 108Т. Из общего числа идентифицированных TAA 31 по сравнению с 15 пептидами в 12Т и 46 по сравнению с 51 пептидом в 108Т. Из значительно измененных TAA 13 по сравнению с 5 в 12T и 35 по сравнению с 42 в 108T (рис. 3).

Мы также наблюдали явное появление большего количества пептидов, которые соответствуют аллелям HLA-B после обработки IFNγ, в соответствии с известным предпочтением IFNγ увеличивать экспрессию HLA-B по сравнению с другими аллелями HLA-I.Интересно, что мы идентифицировали в 12T новый кластер для аллеля B * 08: 01, который не имел достаточного количества пептидов для образования кластера до обработки IFNγ, а также увеличение количества пептидов, которые соответствуют Аллели B * 51: 01 и C * 01: 02 напоминают данные, полученные в клетках, сверхэкспрессирующих субъединицы IP. Мы также наблюдали в обработанном IFNγ 108T новый кластер для аллеля HLA-B * 55: 01, который действительно имел достаточно пептидов для образования кластера ранее, и увеличение представления пептидов, которые соответствуют C * 03: 03 и аллели C * 07: 02.Подобно изменению после сверхэкспрессии субъединиц иммунопротеасомы, аллели более равномерно представлены пептидами после обработки IFNγ, увеличивая разнообразие представленных аллелей (дополнительный рис. 16).

Характеристика иммуногенности неоантигенов и TAA, представленных клетками со сверхэкспрессией иммунопротеасомы

Чтобы оценить, какие из идентифицированных HLA-связанных TAA и неоантигенов являются иммунореактивными, мы протестировали реактивность аутологичных TIL к этим пептидам с помощью импульсного синтетического импульса. эквиваленты на трансформированные EBV B-клетки, экспрессирующие согласованные аллели HLA, а затем совместное культивирование B-клеток с аутологичными TIL.Как для 12Т, так и для 108Т, мы обнаружили более высокую общую реактивность TAA и неоантигенов, которые дифференциально представлены клетками, которые сверхэкспрессируют субъединицы IP, по сравнению с TAA, которые дифференциально представлены контрольными клетками (рис. 4 и дополнительный рис. 17). ). Этот улучшенный иммунный ответ является результатом продукции большего количества иммуногенных антигенов клетками с более высокой экспрессией иммунопротеасом. В 12Т мы наблюдали 7,3-кратное увеличение общей реактивности пептидов, дифференциально представленных в клетках со сверхэкспрессией иммунопротеасомы (56750 пг / мл против7920 пг / мл в контроле EV). Это кратное различие сохраняется, когда мы сосредотачиваемся на значительно отличающемся представлении пептидов. Сходные результаты были получены, когда мы сравнивали пептиды, представленные клетками, обработанными IFNγ, с необработанными клетками - 94,8-кратное увеличение реактивности (32643 пг / мл против 344 пг / мл) для всех пептидов и 4,2-кратное увеличение случай значительно дифференциально представленных пептидов (рис. 4). В 108T мы наблюдали 8,9-кратное увеличение общей реактивности между сверхэкспрессирующими IP клетками по сравнению с контрольными клетками EV и клетками a 2.3-кратное изменение между обработанными и необработанными клетками для всех пептидов. Было обнаружено 2,4-кратное изменение для значительно различающихся представленных пептидов между обработанными и необработанными клетками. В клетках со сверхэкспрессией IP по сравнению с EV было не так много дифференциально представленных TAA в 108T, и все они были нереактивными (дополнительный рис. 17).

Все пептиды, кратность изменения интенсивности которых была больше или меньше единицы для клеток со сверхэкспрессией иммунопротеасом по сравнению с контролем с пустым вектором ( a ) или клеток, обработанных IFNγ по сравнению с необработанными клетками ( b ), тестировали на их способность к вызывают иммунный ответ за счет аутологичных TIL. Реактивность каждого пептида измеряли из n = 3 биологических повтора на каждый пептид и представляли как среднее значение ± стандартное отклонение. Указана суммарная реактивность каждой группы пептидов и количество пептидов в каждой группе.Красные и серые области представляют все пептиды, интенсивность кратного изменения которых была больше или меньше, чем у клеток OE / IFNγ и клеток EV / NT, соответственно (включая значительно измененные пептиды). Темно-красные и темно-серые области представляют пептиды, которые значительно по-разному представлены клетками OE / IFNγ и клетками EV / NT соответственно. Для каждого условия была рассчитана суммарная реактивность для всех пептидов и для тех, которые были представлены значительно дифференцированно.

Повышенная экспрессия субъединиц иммунопротеасомы коррелирует с лучшим ответом на ингибиторы иммунных контрольных точек. реакция пациента на ИКТ коррелирует с уровнями

a Респонденты, ответившие на терапию против CTLA4, демонстрируют значительно более высокую экспрессию субъединиц IP (односторонняя сумма рангов Уилкоксона P <0,006) и мутационная нагрузка (односторонняя сумма рангов Уилкоксона P <0,03). Не наблюдалось значительных различий в экспрессии регулярной субъединицы протеасомы ( PSMB5 / 6 ; Wilcoxon ranksum P > 0,5). b Экспрессия субъединиц IP является прогностическим признаком ответа на терапию против CTLA4, количественно определяемую площадью под кривой (AUC = 0.80, оранжевый) рабочей кривой приемника (ROC), превосходящей или сопоставимой с мутационной нагрузкой (AUC = 0,72, синий) и сигнатуры IFNγ (AUC = 0,75, черный). В сочетании с ML наиболее предсказуемым является IP (PSMB) (AUC = 0,89, красный), за ним следуют CD8T (AUC = 0,87) и IFNγ (AUC = 0,84, черный) или CD8T в качестве единственной переменной (AUC = 0,82, серый) . Кривая точности-отзыва показана на дополнительном рис. 18a. c У лиц, ответивших на терапию анти-PD1, наблюдается значительно более высокая экспрессия субъединиц IP (односторонняя сумма рангов Вилкоксона P <0.03). Не наблюдалось значительных различий в экспрессии регулярной субъединицы протеасомы ( PSMB5 / 6 ; односторонний ранксум Уилкоксона P > 0,5) и мутационной нагрузки (односторонний ранксум Уилкоксона P > 0,1). d IP (оранжевый) предсказывает ответ на терапию анти-PD1 (количественно определяется площадью под кривой (AUC = 0,75 рабочей кривой приемника (ROC)), выше мутационной нагрузки (AUC = 0,67, синий) , Подпись IFNγ (AUC = 0,52, черный), количество CD8 + Т-клеток (AUC = 0.55, желтый) и экспрессия PDL1 (AUC = 0,64, серый). Комбинация экспрессии субъединицы IP и мутационной нагрузки обеспечивает AUC = 0,79 (красный). Кривая точности-отзыва показана на дополнительном рис. 18b.

Мы сравнили предсказательную силу экспрессии субъединицы иммунопротеасомы с известными коррелятами ответа ICT, такими как мутационная нагрузка, IFNγ и инфильтрация Т-клеток. Мутационная нагрузка была связана с улучшенным исходом после лечения анти-CTLA4 (рис. 5a), но в меньшей степени, чем экспрессия субъединиц иммунопротеасомы (мутационная нагрузка P = 0.03, критерий суммы рангов Вилкоксона). Более того, мы подтвердили, что уровни экспрессии субъединицы иммунопротеасомы коррелируют с ответом ICT также при контроле мутационной нагрузки, чистоты опухоли, IFNγ и CD8 + Т-клеток с помощью частичного корреляционного анализа (тау Кендалла = 0,26, P <0,09 ), указывая на независимый вклад IP-субъединиц в ответ ICT. Действительно, экспрессия субъединицы иммунопротеасомы имеет превосходную предсказательную силу (площадь под кривой (AUC) рабочей кривой приемника (ROC = 0.80)) по сравнению с мутационной нагрузкой и сигнатурой IFNγ. Кроме того, комбинация экспрессии субъединицы IP с мутационной нагрузкой показывает наивысшую точность прогноза по сравнению со всеми другими комбинациями с мутационной нагрузкой (фиг. 5b). Это соотношение осталось устойчивым, когда мы рассмотрели все 35 образцов без порогового значения чистоты (дополнительная таблица 11).

Большинство опухолей (6/9) с высокой экспрессией субъединиц иммунопротеасом и высокой мутационной нагрузкой (> 50-го перцентиля) были обнаружены у пациентов, которые продемонстрировали стойкое клиническое улучшение после терапии анти-CTLA4.Примечательно, что ни один из пациентов (0/8), опухоли которых демонстрировали низкую экспрессию субъединиц иммунопротеасом и низкую мутационную нагрузку (<50-й перцентиль), не получали пользы от ипилимумаба. Среди опухолей высокой чистоты (чистота> 45%) большинство опухолей (4/5) с высокой экспрессией субъединиц иммунопротеасом и высокой мутационной нагрузкой (> 50-й перцентиль) были получены от пациентов, у которых было стойкое клиническое улучшение, но ни один из пациенты (0/5) с опухолями с низкой экспрессией субъединиц иммунопротеасом и низкой мутационной нагрузкой (<50-й перцентиль) получали ипилимумаб.

Затем мы изучили когорту пациентов, получавших анти-PD1 антитела пембролизумаб и ниволумаб ² . Здесь также сильно коррелированы выражения PSMB8 и PSMB9 (Spearman R = 0,81, P <2,5E-6). Из 26 образцов, для которых были доступны данные об экспрессии / мутации и ответе гена, мы рассмотрели 21 образец с чистотой опухоли> 45% (12 респондентов и 9 не ответивших). Важно отметить, что наши результаты не зависели от пороговых значений чистоты (дополнительная таблица 13).Примечательно, что мутационная нагрузка, сигнатура IFNγ и инфильтрация Т-клеток не были связаны с улучшенным ответом в этой когорте (рис. 5c). Однако опухоли, полученные от пациентов, у которых было стойкое клиническое улучшение, показали более высокую экспрессию субъединиц иммунопротеасом, чем опухоли без стойкого улучшения ( P = 0,03, критерий суммы рангов Вилкоксона), в то время как это меньше для мутационной нагрузки ( P = 0.1, критерий суммы рангов Вилкоксона). Индивидуальная экспрессия субъединицы иммунопротеасомы показала менее значительную ассоциацию, чем экспрессия как PSMB8 , так и PSMB9 ( P = 0.03 для PSMB8 и P = 0,06 для PSMB9 , критерий суммы рангов Вилкоксона), но экспрессия конститутивных субъединиц протеасомы не показала корреляции ( P = 0,5, критерий суммы рангов Вилкоксона) (рис. 5c) . Мы подтвердили, что экспрессия субъединицы иммунопротеасомы сильно коррелировала с ответом ICT, когда чистота опухоли и экспрессия конститутивных субъединиц протеасомы, мутационная нагрузка, IFNγ и количество CD8 + Т-клеток контролировались для (Kendall tau = 0,33, P <0.06), что снова указывает на независимый вклад IP-субъединиц в ответ ICT. Кроме того, экспрессия субъединицы иммунопротеасомы отличала респондеров от не отвечающих с приличной точностью предсказания (AUC ROC = 0,75; рис. 5d), самой высокой среди мутационной нагрузки, сигнатуры IFNγ, изобилия CD8 + Т-клеток и экспрессии PDL1, достигая AUC. = 0,79 в сочетании с мутационной нагрузкой. Это соотношение оставалось устойчивым для всех 26 образцов без порогового значения чистоты (дополнительная таблица 13).Большинство высокочистых (чистота> 45%) опухолей (6/8), демонстрирующих высокую экспрессию субъединиц иммунопротеасом и высокую мутационную нагрузку (> 50-й перцентиль), были получены от пациентов, которые получили длительную клиническую пользу от ИКТ, но особенно здесь: Кроме того, только несколько пациентов (3/7) с низкой экспрессией субъединиц иммунопротеасом и низкой мутационной нагрузкой (<50-й перцентиль) получили пользу от пембролизумаба или ниволумаба.

Выражение функции - JavaScript | MDN

Ключевое слово function может использоваться для определения функции. внутри выражения.

Вы также можете определять функции с помощью Функция конструктор и объявление функции.

Выражение не допускается в начале оператора.

  function [имя] ([param1 [, param2 [, ..., paramN]]]) {
  заявления
}
  

Начиная с ES2015, вы также можете использовать стрелочные функции.

Параметры

имя Дополнительно

Имя функции. Может быть опущено, в этом случае функция будет анонимно .Имя является локальным только для тела функции.

ПАРАМ. Дополнительно

Имя аргумента, передаваемого функции.

ведомостей Дополнительно

Операторы, составляющие тело функции.

Выражение функции очень похоже и имеет почти тот же синтаксис, что и функция объявление (подробности см. в инструкции функции ).Основное различие между выражением функции и объявлением функции заключается в том, что имя функции , которое можно опустить в выражениях функций для создания анонимных функций. Выражение функции может использоваться как IIFE (выражение немедленно вызываемой функции) который запускается, как только он определен. См. Также главу о функциях для получения дополнительной информации.

Функциональное выражение подъема

Выражения функций в JavaScript не поднимаются, в отличие от объявления функций.Вы не можете использовать функциональные выражения до того, как вы создать их:

  console.log (notHoisted)

notHoisted ();

var notHoisted = function () {
   console.log ('бар');
};
  

Выражение именованной функции

Если вы хотите обратиться к текущей функции внутри тела функции, вам необходимо создать именованное выражение функции. Это имя является локальным только для тело функции (область действия) . Это также позволяет избежать использования нестандартных arguments.callee свойство.

  let math = {
  'factit': function factorial (n) {
    console.log (n)
    if (n <= 1) {
      возврат 1;
    }
    вернуть n * факториал (n - 1);
  }
};

math.factit (3)
  

Переменная, которой присвоено выражение функции, будет иметь имя имущество. Имя не меняется, если оно присвоено другой переменной. Если функция name опущено, это будет имя переменной (неявное имя). Если имя функции в настоящее время это будет имя функции (явное имя).Это также относится к стрелочные функции (стрелки не имеют названия, поэтому вы можете дать переменной только неявное имя).

  var foo = function () {}
foo.name

var foo2 = foo
foo2.name

var bar = function baz () {}
bar.name

console.log (foo === foo2);
console.log (typeof baz);
console.log (bar === baz);
  

Создание безымянной функции

В следующем примере определяется безымянная функция и ей присваивается значение x . В функция возвращает квадрат своего аргумента:

  var x = function (y) {
   вернуть y * y;
};
  

Использование функции как обратного вызова

Чаще используется как обратный вызов:

  кнопка.addEventListener ('щелчок', функция (событие) {
    console.log ('кнопка нажата!')
})
  

Использование выражения немедленного вызова функции (IIFE)

Создается и вызывается анонимная функция:

  (функция () {
    console.log ('Код запускается!')
}) ();



! function () {
  console.log ('Код запускается!')
} ();
  

Таблицы BCD загружаются только в браузер

Маломолекулярная модуляция экспрессии фактора сплайсинга связана с спасением от клеточного старения | BMC Molecular and Cell Biology